■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的P...
1. 寻找差异区域 然而,识别特定于细胞系或条件的峰并不能捕获表观遗传事件的全部变化。 为了识别表观遗传事件的差异,我们可以尝试量化 IP 样本中非冗余峰组中片段丰度的变化。我们首先必须建立一组区域,在这些区域中量化 IP ed 片段。 一种成熟的技术是产生一组非冗余峰,这些峰出现在至少一个被评估的实验条件的...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
其中：--t1, --c1, --t2, --c2是运行MACS2 callpeak时候的中间结果。--d1 --d2是运行macs callpeak过程中的输出中间结果。然后运行结束会有三个文件：其中：common文件输出的是2个peak中没有显著差异的peak；cond1是前面上调的peak；反之，cond2是下调的peak；文件中最后一列用来衡量peak之间的...
Genrich介绍 Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质...
不依赖 Peak caller 的差异分析工具: MACS2的 bdgdiff 函数、ChIPDiff、ChIPnorm、chromstaR、csaw、diffReps、EpiCenter ... Tools 考虑的几种因素: 1、实验组与对照组差异分析情况:完全下降或者上升、上升下降一半一半 这一段有点意思。 2、信噪比,也就是我们说的 FRiP 值 ...
鉴定得到差异peak后,再利用R包ChIPseeker对得到的差异peak进行注释、分布统计,利用软件HOMER进行motif鉴定等分析。 04 染色质免疫共沉淀测序实验成功的关键问题 (1)抗体质量 ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量...
基因组上有peak的地方就意味着这个地方有测到的序列。结合ChIP-seq的原理看，也就意味着这个区域有蛋白...
peak_group:表示峰来自哪里,是否为共同峰 normalized_read_density_in_<名称1> normalized_read_density_in_<名称2> (2)output_filters/ 此文件夹包含BED格式的过滤的有偏/无偏峰 <name1>vs<name2>M_above<m_cutoff>_biased_peaks.bed <name1>vs<name2>M_below-<m_cutoff>_biased_peaks.bed <name1>vs...
染色质免疫共沉淀测序CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步:1)整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。2)筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的...