每个数据点对应一个基因,三角形数据点代表先前报道的pho调控元件中的基因,红色三角形表示该转录本ChIP-seq鉴定的上游PhoB位点,灰色三角形表示没有上游位点。红色圆圈表示以前没有报道过的基因位于pho调控元件中,但在ChIP-seq中鉴定出上游PhoB位点。蓝色圆圈表示ChIP-seq鉴定出的内部PhoB位点基因。灰色圆圈表示所有其他基因...
每个数据点对应一个基因,三角形数据点代表先前报道的pho调控元件中的基因,红色三角形表示该转录本ChIP-seq鉴定的上游PhoB位点,灰色三角形表示没有上游位点。红色圆圈表示以前没有报道过的基因位于pho调控元件中,但在ChIP-seq中鉴定出上游PhoB...
每个数据点对应一个基因,三角形数据点代表先前报道的pho调控元件中的基因,红色三角形表示该转录本ChIP-seq鉴定的上游PhoB位点,灰色三角形表示没有上游位点。红色圆圈表示以前没有报道过的基因位于pho调控元件中,但在ChIP-seq中鉴定出上游PhoB位点。蓝色圆圈表示ChIP-seq鉴定出的内部PhoB位点基因。灰色圆圈表示所有其他基因...
为了测定全基因组的组蛋白修饰,ChIP-seq技术是一种有效的方法。因此,通过比较两个ChIP-seq文库可以识别潜在的DHMSs。 结果:我们的目的是识别DHMSs,提出一种称为ChIPDiff的方法来通过ChIP-seq测定的数据全基因组比对组蛋白修饰位点。基于观察的ChIP片段数,提出了一个隐马模型的方法推断每个基因组位置的组蛋白修饰变化...
CBF1、CBF2和CBF3的全基因组ChIP-seq分析 杨淑华/施怡婷课题组一直致力于植物低温胁迫的信号转导通路的研究,鉴定了多个CBF信号通路上游关键组分,揭示了植物激素与光信号调控植物抗冻性的分子机制(Jiang et al., 2020; Jiang et al., 201...
蛋白质-DNA相互作用的全基因组映射在基因调控研究中必不可少。一份表观遗传标记和转录因子结合的详细图谱是推断调控网络和巩固各种生物系统基因表达的关键。研究这些相互作用时,ChIP和大规模平行测序(ChIP-seq)是最广泛的使用工具。 新应用笔记详述了Chromatrap® ChIP-seq试剂盒与Illumina公司ChIP-seq文库制备...
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)实验,Western印迹法检测EDAG抗体的...
转录是基因表达的第一步,也是基因表达最重要的一步调控。 目前基于高通量测序的转录研究方法主要包括Pol II ChIP-seq,GRO-seq以及nascent RNA-seq等。 这些方法为理解基因转录过程提供了重要的工具,但也存在很大缺陷。 例如,这些方法操作繁复,均需要大量的(往往多于百万)细胞作为起始材料,nascent RNA-seq难以捕捉低丰...
以下哪类数据属于二级数据的内容( )A.全基因组亚硫酸盐测序的序列数据B.ATAC-seq测序得到的序列数据C.ChIP-seq分析得到的峰值数据D.RNA-seq测序的
然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个具体的表观遗传机制,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想...