最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
主要用于蛋白质与dna相互作用研究采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀分离与目的蛋白结合的基因组dna片段对其进行纯化和文库构建再通过高通量测序的方法在全基因组范围内寻找目的蛋白的dna结合位点从而获得全基因组范围内与组蛋白转录因子等互作的dna片段信息 WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq之间的异同 全外显子(Whole-exo...
ChIP-seq当前主要应用于两个方面:一方面,转录因子与DNA序列的相互作用识别位点(启动子,增强子等各种顺式作用元件)的研究;另一方面主要应用在表观遗传学领域,组蛋白修饰与核小体定位等。 对于组蛋白修饰语ChIP-seq的研究 。组蛋白修饰是基因激活或者抑制的重要指示器,组蛋白修饰存在于基因表达的调控区域如启动子,增子...
OsABF1是bZIP转录因子,使用杂合转录因子(HTF)的方法与转录因子激活剂VP64(ABF1V)或转录因子抑制剂4EAR(ABF1E)融合,过表达转基因株系显示出明显不同的耐旱表型。通过对转基因水稻品系进行染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和RNA测序(RNA-seq)测定,确定OsABF1与含有ACGT核心基序的DNA序列结合。经过分析RNA测序和染色质...
一个成功的RNA-seq研究,起决定性因素的是一个好的实验设计。依赖于建库类型,测序深度和设置适合的生物学重复,尽量减少测序本身带来的数据误差。 建库流程 提取富集特定细胞类型中的总RNA(mRNA,lincRNA,microRNA,lncRNA等不同研究类型的RNA) 建库(根据不同的测序平台Illumina Hiseq,Ion Torrent,SOLID system使用不同...
WGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同 我只显示了STAT3基因区域的reads覆盖情况。 最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是...
二、Chip-Seq 分析过程二 - 简书https://www.jianshu.com/p/66a6eabd2519 三、RNASeq分析 image.png RNASeq1:对得到的count进行差异基因分析 RNASeq2:对得到的count进行fpkm值计算 四、Python- pandas 和 numpy 的下载与安装 - 简书https://www.jianshu.com/p/8de14da3f7f4 ...
RNA-seq与ChIP-seq数据处理与分析实战（中篇）library TSS附近的 TSS区
CHIP-seq数据分析 基本流程 ChIP-seq 分析流程 (1) 质控。与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对...