最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
1. ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组...
首先背景知识,由于绝对数目的差异,ChIP基本上深度是足够的,RNASeq的数据常常是不够的。假设你有一个细胞里面表达10000个基因,每个基因平均10个到100个RNA,那你最惨的时候有1m转录本去sample。反过来你就算是看pol2 binding,那顶多也就是20000个dna让你sample。 然后我们来讨论讨论sampling. 做实验每一步都有samplin...
转录组测序(RNA-seq):首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-下-数据使用说明, 视频播放量 5446、弹幕量 6、点赞数 78、投硬币枚数 32、收藏人数 310、转发人数 24, 视频作者 纪伟讲测序, 作者简介 ,相关视频:转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-上-分析思路,想通过单细胞数据
WGS/WES/RNAseq/CHIP-seq之间的差别 参考网址:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484311&idx=1&sn=7845d8341562531e968598da685b38a4&chksm=9b48432cac3fca3aed2d57cc12d94eb58c6fce4e5aa698b7a2d0f261cadd2d9f7121635f5e52&scene=21#wechat_redirect 分类: 生物信息 ...
两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学 开机开机卡机打开 32 0 医学科研临床铁死亡lncRNA五分文章套路视频(DCA决策曲线/升级版列线图医学会员免费学 开机开机卡机打开 10 0 医学科研临床NMF聚类识别肿瘤分子亚型文章套路医学会员免费学 开机开机卡机打开 9 0 CNS正刊 ...
图1 ChIP-seq ABF1V结合位点鉴定 2.RNA-seq的差异表达分析和聚类分析热图 差异表达分析显示:ABF1E株系中上调和下调基因的数目分别是171和818,ABF1V株系中上调和下调基因的数目分别是1550和2255,WT-D中上调和下调基因的数目分别是3596和4089。为了找到与OsABF1 HTF转基因系的异常表型相关的基因,将DEG分为七组...