什么是富集峰注释? 基于抗体富集的原理,众多reads片段比对到基因组上某区段,会形成一个类似山峰的富集区。由于我们是在基因组背景下进行生物医学研究的,因此需要将基因组区域(富集峰,peak)与基因联系起来,即确定峰落在哪个基因上,落在该基因的哪种基因组特征上,距离TSS的位置是多少bp等,然后才能进行后续的功能研究。
此外我们单纯看峰高可能 reads 覆盖差异很小,建议老师注意下纵坐标范围是否存在差异。 7.ChIP-Seq的分析流程是什么? 首先对原始下机数据(Raw Data)进行过滤,将过滤后得到的高质量序列(Clean Data)比对到该物种的参考基因组上。根据比对结果寻找 peak。在此基础上,进一步对peak 相关基因进行功能注释,对样品间进行...
chip-seq的分析可分为转录因子结合位点和组蛋白修饰位点分析。那么peak是测序的reads富集在基因组上的...
CUT&Tag实验中,最后一步提取的染色质位于兴趣蛋白结合位点附近,分离出的较短DNA序列意味着它没有ChIP-Seq那样的深度测序要求。 对于CUT&Tag技术,3-5M reads足以生成可靠的数据,这比ChIP-Seq分析(通常每个样本需要30-50M reads)的测序量少了约10倍。 CUT&Tag-IT™ Assay试剂盒测试数据 与ENCODE数据关联对比 采...
也叫FRiP,表示:the percentage of reads that overlap ‘called peaks’,也就是peaks包含的reads数占reads总数的百分比 可以理解成:信噪比(signal-to-noise) 根据感兴趣蛋白(POI,protein of interest)的不同,RiP值也差异较大: 质量好的转录因子(sharp/narrow peaks)一般得到5%以上的RiP值 ...
2、Peak-calling:也就是从比对得到BAM文件中找出reads的覆盖区,也就是那个峰出现的位置。 3、高级分析 (1)peak差异分析:寻找不同分组之间的差异peaks (2)peak注释:峰的注释可将染色质的可及性与基因调控联系起来。通常,峰会被注释到最接近的基因或调控元件。获得最接近的基因之类的基因列表后,还可以使用GO,KEGG...
ChIP-seq 、CLIP-seq和Co-IP ChIP-seq：沉淀目的蛋白，对DNA进行测序，所以是检测蛋白质与基因组的...
16、chip-seq uniqie reads比对率 50%是否正常 我觉得问题不大。只要你比到的区域足够支持你的结论就行了。当然,也可以多做几次测序,把数据量提上去。这也涉及到你的生信分析处理,其实操作空间很大。 17、请问做TCGA的数据分析如何祛除不同样本的批次效应?比如不同批次样本不同批次建库等 ...
对于CUT&Tag技术,3-5M reads足以生成可靠的数据,这比ChIP-Seq分析(通常每个样本需要30-50M reads)的测序量少了约10倍。 CUT&Tag-IT™ Assay试剂盒测试数据 与ENCODE数据关联对比 采用K562细胞进行实验,使用几种不同抗体:H3K27me3(深蓝色),phospho-Pol2Ser2(红色),CTCF(橙色),H3K4me3(绿色),H3K9ac(浅蓝色...
第16期 染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）技术原理、应用及科研课题设计（下）1.6 万播放 · 19 赞同...