这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组蛋白修饰的。而且二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特征峰: 组蛋白修饰结合的特征峰: 当然我们也可以使用,UCSC基因组浏览器显示。 三、影响测序结果的因素 1、免疫共沉淀的影响 高效特异性抗体 起始物料量 ChIP DNA产量取决于多种因素 细胞类型 标...
narrow peak:即发生在DNA上特定的短序列,结合的区域很短。 broad peak:这种类型的peak在DNA上呈弥 散的连续的分布,峰型较宽。 一般来说,转录因子的峰型都是narrow peak;而对于组蛋白修饰,有的峰型为 narrow peak,有的为broad peak。 可以通过调整参数或使用不同的软件分别鉴定narrow peak及broad peak。 peak...
region:increased sequence read tag density along the chromosome relative to measured or estimated background.即染色体上的区域出现了上升峰,峰高即为那个对应的碱基上对应的mapped reads数。 source: the most likely source points(s) of cross-linking and inferred binding, 即最有可...
根据基因组特征,这些峰的位置注释到转录起始位点(TSS)、5 ' UTR、3 ' UTR、外显子或内含子的上游序列。分布在TSS附近的区域是基因的启动子位点,被认为是TFs的靶点。此外,这些假定的靶基因的表达可以通过RNA-seq、芯片或qPCR进一步验证。从ChIP-seq...
在该图中会是出现两个峰值,第一个峰值对应的peak称之为phantom peak, 偏移距离对应测序读长,第二个峰对应chip peak,代表真实的结合位点,偏移距离对应插入片段长度。 通过这种cross-correlation plot的分布,可以直观的分析数据质量,示意如下 一个高质量的chip数据,chip peak对应的峰最高,phantom peak对应的峰较矮,如...
不同蛋白对DNA的结合可以按照峰的宽窄和分布特征分为:narrow peak:即发生在DNA上特定的短序列,结合的区域很短。broad peak:这种类型的peak在DNA上呈弥 散的连续的分布,峰型较宽。一般来说,转录因子的峰型都是narrow peak;而对于组蛋白修饰,有的峰型为 narrow peak,有的为broad peak。可以通过调整参数或使用不...
这样测序得到的 DNA 片段匹配映射到参考基因组,这些DNA片段其实是随机的,靶蛋白结合的片段越多,测序获得的数据就越多,那么在该位置检测到 DNA 片段堆叠就会越高,反之如果没有蛋白结合,在该位置就会几乎没有DNA 片段堆叠,这些DNA片段堆叠叫做峰 (Peak)。下图中红色和蓝色的箭头代表在基因组中mapping的正负链,最后对...
ChIP-seq将DNA上的组蛋白修饰/蛋白结合区域富集后进行测序,因此组蛋白修饰/蛋白结合区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于Input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到DNA上组蛋白修饰/蛋白结合的区域(peak)。如采用软件MACS2[4]检测峰。