不同细胞类型中,同一组蛋白修饰的峰分布会有差异 。胚胎发育过程里,组蛋白修饰峰的类型和位置不断变化 。 疾病状态下,特定组蛋白修饰峰的模式可能出现异常 。组蛋白修饰峰的高度可反映修饰的程度与基因活性的关联 。峰的宽度在一定程度上能体现染色质区域的调控复杂性 。利用Chip-seq分析H3K36me3修饰峰,与基因...
下图中红色和蓝色的箭头代表在基因组中mapping的正负链,最后对两个peak进行merge之后,就会得到最终的peak,然后就会得到我们在文章里最常见的一种ChIP-seq峰图,y轴是映射上去的片段拷贝数,代表ChIP-seq的信号强度,x轴就是基因组坐标: 而在最后的分析里,由于峰值会有背景噪音以及文库会夹杂一些没有用抗体捕获的DNA片...
虽然峰的数量可以作为成功的ChIP实验的初始指标,但峰数不适合在ChIP样本之间进行比较,因为它强烈依赖于峰值调用阈值。此外,单个富集区域通常可以分为多个次区域,特别是在广义标记中。例如,H3K4me3具有最低的峰数分布,但最大的SSP-NSC分布,表明较强的峰数量较少(图3A)。图 3A...
在这些峰中,12.59% 位于靶基因的启动子区域内,对应于 286 个基因,其中鉴定了 6 个具有高置信度的基序,这些基序可能是热激转录因子 SmHSFA8 的结合位点。 图2 DAP-Seq 分析的 SmHSFA8 全基因组结合位点 (3)CUT-Tag CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)技术是在ChIP-seq技术基础上发展而来,同样...
在该图中会是出现两个峰值,第一个峰值对应的peak称之为phantom peak, 偏移距离对应测序读长,第二个峰对应chip peak,代表真实的结合位点,偏移距离对应插入片段长度。 通过这种cross-correlation plot的分布,可以直观的分析数据质量,示意如下 一个高质量的chip数据,chip peak对应的峰最高,phantom peak对应的峰较矮,如...
下图中红色和蓝色的箭头代表在基因组中mapping的正负链,最后对两个peak进行merge之后,就会得到最终的peak,然后就会得到我们在文章里最常见的一种ChIP-seq峰图,y轴是映射上去的片段拷贝数,代表ChIP-seq的信号强度,x轴就是基因组坐标: 而在最后的分析里,由于峰值会有背景噪音以及文库会夹杂一些没有用抗体捕获的DNA...
下图中红色和蓝色的箭头代表在基因组中mapping的正负链,最后对两个peak进行merge之后,就会得到最终的peak,然后就会得到我们在文章里最常见的一种ChIP-seq峰图,y轴是映射上去的片段拷贝数,代表ChIP-seq的信号强度,x轴就是基因组坐标: 而在最后的...
将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白,进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。理论上,只要抗体设计的好,与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。 我们一般用 ChIPseq 检测转录因子的结合,以及检测组蛋白修饰,二者有着截然不同的峰形: ...
3、将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组蛋白修饰的。而且二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特征峰: 组蛋白修饰结合的特征峰: 当然我们也可以使用,UCSC基因组浏览器显示。 三、影响测序结果的因素 1、免疫共沉淀的影响 高...