下图中红色和蓝色的箭头代表在基因组中mapping的正负链,最后对两个peak进行merge之后,就会得到最终的peak,然后就会得到我们在文章里最常见的一种ChIP-seq峰图,y轴是映射上去的片段拷贝数,代表ChIP-seq的信号强度,x轴就是基因组坐标: 而在最后的分析里,由于峰值会有背景噪音以及文库会夹杂一些没有用抗体捕获的DNA片段也被测序
ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序技术的结合,通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建,然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。能够在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列,特别是在转录因子、组蛋白修饰等表观遗传学的...
通过ChIP-seq,我们能够识别特定蛋白质结合的DNA区域。ChIP-seq数据分析图通常包括多种图形,如峰值图(peak profiles)、热图(heatmaps)、基因组浏览器视图(genome browser views)等。这些图形可以帮助研究人员直观地了解蛋白质在基因组上的结合模式及其生物学意义。 在ChIP-seq数据分析中,峰值图是最常见的图形之一。它...
ChIP-Seq:用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染...
在该图中会是出现两个峰值,第一个峰值对应的peak称之为phantom peak, 偏移距离对应测序读长,第二个峰对应chip peak,代表真实的结合位点,偏移距离对应插入片段长度。 通过这种cross-correlation plot的分布,可以直观的分析数据质量,示意如下 一个高质量的chip数据,chip peak对应的峰最高,phantom peak对应的峰较矮,如...
由于大多数ChIP-seq数据都与尖峰相关，因此通常默认使用尖峰进行峰值检测。▲ 下游工具功能 在ChIP-seq分析中，峰检出后，为了深入探索和有效分析，我们需要了解几种下游工具的功能。IGV、HOMER、BEDTools和chromHMM等工具提供峰分析和染色质功能注释，辅助研究者理解结合位点生物学意义。▲ 染色质状态和组蛋白修饰分析 多...
表3:+HBt和-HBt烟粉虱H3K9me3 ChIP seq峰值分布统计 (2)Hamiltonella缺失导致粉虱卵巢线粒体功能障碍 图2:Hamiltonella缺失导致粉虱卵巢线粒体功能障碍 (3)补充叶酸会恢复Hamiltonella缺失烟粉虱卵巢的线粒体功能 图3:补充叶酸可恢复烟粉虱卵巢线粒体功能
蛋白质与DNA的结合情况。在ChIP-seq峰图中，y轴代表ChIP-seq的信号强度，x轴代表基因组坐标。基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，检测到的DNA片段堆叠就会越高，在峰图中，峰值就会越高。没有蛋白结合，就会几乎没有DNA片段堆叠，峰值就会很低。峰图中的峰就是DNA片段堆叠，叫Peak。
从ChIP-seq库在正负链之间的不同偏移值的互相关联值的绘图。 图中的峰值给出了平均片段长度,在这种情况下可能是150 bp左右,但只有在我们假设低偏移量的相对高相关性表明技术问题的情况下。需要考虑的一个重要问题是,在非常低的偏移量上经常存在一个幻峰,这可以看作是由于...