将reads比对到猪的参考基因组(Sscrofa 11.1)。通过peaks鉴定和过滤程序,确定了每个样本中平均77947个H3K27ac峰值。所有峰值进一步合并成至少在三个样本中出现的90991个共有峰值。在转录起始位点(TSS)1 kb范围内的共有峰值定义为启动子(16544个),其他的被定义为增强子(74447个)。41%的H3K27ac峰值位于内含子中,...
将reads比对到猪的参考基因组(Sscrofa 11.1)。通过peaks鉴定和过滤程序,确定了每个样本中平均77947个H3K27ac峰值。所有峰值进一步合并成至少在三个样本中出现的90991个共有峰值。在转录起始位点(TSS)1 kb范围内的共有峰值定义为启动子(16544个),其他的被定义为增强子(74447个)。41%的H3K27ac峰值位于内含子中,...
我们可以使用 DESeqDataSetFromMatrix() 函数来创建 DESeq2 对象。 我们必须将我们的计数矩阵提供给 countData 参数,我们的元数据 data.frame 提供给 colData 参数,并且我们在 rowRanges 的可选参数中包含我们可以依靠的非冗余峰值集。 最后,我们在我们希望测试设计参数的元数据 data.frame 中提供列的名称。 library...
41%的H3K27ac峰值位于内含子中,其中近三分之一是第一个内含子。23%和18%的峰值分布在远端间基因区域和启动子区域。近一半的峰值位于TSS附近10~100 kb范围内。通过与之前研究中的H3K27ac峰值比较,验证了这些峰值的真实性。结果显示本研究中的30169个H3K27ac峰值覆盖了Kern等人研究中98.6%的峰值。此外,研究者...
在为ChIP-seq数据开发了各种统计方法和质量指标之后,对读取分布的目视检查可以有效地直观地评估和分析获得的数据,例如,检测来自超ChIPable区域的可疑峰值。为此,可以使用交互式可视化工具,例如集成基因组查看器(IGV)或SeqMonk. 09比较分析的归一化 在比较分析之前,读取归一化对于减...
我们必须将我们的计数矩阵提供给 countData 参数,我们的元数据 data.frame 提供给 colData 参数,并且我们在 rowRanges 的可选参数中包含我们可以依靠的非冗余峰值集。 最后,我们在我们希望测试设计参数的元数据 data.frame 中提供列的名称。 library(DESeq2) ...
41%的H3K27ac峰值位于内含子中,其中近三分之一是第一个内含子。23%和18%的峰值分布在远端间基因区域和启动子区域。近一半的峰值位于TSS附近10~100 kb范围内。通过与之前研究中的H3K27ac峰值比较,验证了这些峰值的真实性。结果显示本研究中的30169个H3K27ac峰值覆盖了Kern等人研究中98.6%的峰值。此外,研究者...
结果显示本研究中的30169个H3K27ac峰值覆盖了Kern等人研究中98.6%的峰值。此外,研究者还分析了每个共有峰值的出现百分比与其丰度(以FPM衡量)之间的相关性,发现峰值的出现百分比与其丰度显著正相关。同时还鉴定了调控可能决定细胞和组织身份的基因中起重要作用的超增强子。本研究中每个样本平均鉴定了1090个超级增强子,...
首先,我们需要将来自 MACS2 的峰值调用读取到 R 中。 我们将审查的 Myc peak 调用位于 peaks 目录中,因此我们在这里使用 dir() 函数列出与我们预期的文件模式匹配的所有文件。 peakFiles<-dir("data/peaks/",pattern="*.peaks",full.names=TRUE)peakFiles ...
此外,研究者还分析了每个共有峰值的出现百分比与其丰度(以FPM衡量)之间的相关性,发现峰值的出现百分比与其丰度显著正相关。同时还鉴定了调控可能决定细胞和组织身份的基因中起重要作用的超增强子。本研究中每个样本平均鉴定了1090个超级增强子,覆盖宽度平均为47.2 kb。