1 质量控制(trim_galore) ##本次数据是单端测序数据 ##进入到raw目录 (chipseq) root 21:24:01 /home/kaoku/chipseq/mouse_project/raw $ ls Control_1.fastq.gz H3K36me3_1.fastq.gz Ring1B_3.fastq.gz RNAPII_S2P_2.fastq.gz RNAPII_S5PRepeat_1.fastq.gz Control_2.fastq.gz H3K36me3_2...
这个时候选择trim_galore软件进行过滤,过滤条件:测序得到的原始序列含有接头序列或低质量序列,为了保证信息分析的准确性, 需要对原始数据进行质量控制,得到高质量序列(即Clean Reads),原始序列质量控制的标准为: ①去除含接头的reads; ②过滤去除低质量值数据,确保数据质量; ③去除含有N(无法确定碱基信息)的比例大于5%...
有基本的比如每一个base pair的测序质量如何。 也有进阶的比如分析library complexity。具体的文档可以看这里:https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 关于library complexity,得多说两句,一般好的ChIP-Seq或者ATAC-Seq样本的library complexity值都会高(大于0.5)。如果值太低的话,说明PCR amplificat...
chance comprehensive software for quality control and validation of chip-seq data机会chip-seq综合软件质量控制和验证数据.pdf,Diaz et al. Genome Biology 2012, 13:R98 /2012/13/10/R98 SOFTWARE Open Access CHANCE: comprehensive software for quality control an
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖
接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述文献整理的笔记。前面的笔记是:ChIP-seq数据分析课程学习笔记之fastq测序数据的准备 8-fastq数据的质量控制 前面我们已经下载好了全部的fastq数据,接下来就 使用trim_galore软件进行质控 先走一波QC cd /data/gy/project/epi/qc ...
接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述文献整理的笔记。前面的笔记是:ChIP-seq数据分析课程学习笔记之fastq测序数据的准备 8-fastq数据的质量控制 前面我们已经下载好了全部的fastq数据,接下来就 使用trim_galore软件进行质控 先走一波QC cd /data/gy/project/epi/qc ...