可在此处找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可以在此处找到 MEL 细胞系的输入控制 可在此处找到 Ch12 细胞系的输入对照。 2. 质量控制 ChIPseq 有许多潜在噪声源,包括抗体的不同效率非特异性结合文库复杂性ChIP 伪影和背景。 许多这些噪声源...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程 ...
CHIP-seq原理是通过染色质免疫共沉淀技术特异性富集目的蛋白结合的DNA片段,并进行高通量测序,以研究蛋白质与DNA的相互作用。分析步
1 质量控制(trim_galore) ##本次数据是单端测序数据 ##进入到raw目录 (chipseq) root 21:24:01 /home/kaoku/chipseq/mouse_project/raw $ ls Control_1.fastq.gz H3K36me3_1.fastq.gz Ring1B_3.fastq.gz RNAPII_S2P_2.fastq.gz RNAPII_S5PRepeat_1.fastq.gz Control_2.fastq.gz H3K36me3_2...
允许控制样本中出现的伪影区域。 切勿在不考虑使用哪个输入的情况下运行 ChIPseq。 例如:当使用肿瘤样本进行 ChIPseq 时,匹配输入样本很重要。同一组织的不同条件可能共享共同的输入。 2.3. 质量指标 ChIPQC 包将一些指标包装到 Bioconductor 包中,并注意在适当的条件下测量这些指标。
允许控制样本中出现的伪影区域。 切勿在不考虑使用哪个输入的情况下运行 ChIPseq。 例如:当使用肿瘤样本进行 ChIPseq 时,匹配输入样本很重要。同一组织的不同条件可能共享共同的输入。 2.3. 质量指标 ChIPQC 包将一些指标包装到 Bioconductor 包中,并注意在适当的条件下测量这些指标。
接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述文献整理的笔记。前面的笔记是:ChIP-seq数据分析课程学习笔记之fastq测序数据的准备 8-fastq数据的质量控制 前面我们已经下载好了全部的fastq数据,接下来就 使用trim_galore软件进行质控 先走一波QC 代码语言:javascript ...
可在此处[4]找到 Ch12 细胞系的输入对照。2. 质量控制 ChIPseq 有许多潜在噪声源，包括 * 抗体的不...
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术(是Gordon Robertson等人开发的),能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段。在数据分析过程中,首先需要的重要工作就是评估数据质量和实验设计情况,当然ChIP-seq 也不例外,这里主要介绍下查看和评估ChIP-seq 实验数据的R包ChIPQC。
转录因子ChIP-seq数据分析的关键技术是将测序数据转化为生物学意义的信息,这需要多步骤的数据处理和分析。以下是一些关键技术: 2.1 数据质量控制 数据质量控制是ChIP-seq数据分析的第一步,目的是确保测序数据的准确性和可靠性。常见的数据质量控制技术包括: - 测序错误校正:通过比对原始测序数据与参考基因组,校正测序过...