chipObj <- ChIPQC(samples) chipObj #会输出FRiP值,是一个数据质量的参考指标,表示Peak中reads数占整体reads数的情况;此外还会输出一个RelCC(即RSC)值,也是判断数据质量的指标,但这里ChIPQC输出的是根据Peak区域来的,建议同时进行全基因组窗口扫描分析得到的NSC和RSC值,参考网站: https://github.com/kundajelab...
链交叉相关是一个有效的评估ChIP-Seq质量的方法,它不依赖于peak calling,而是基于ChIP-Seq实验。如果ChIP-Seq实验成功,DNA富集序列标签(蛋白质相互作用的序列)会在reads的双峰富集中产生显著的聚集。产生reads的双峰富集的原因如下:在ChIP-Seq实验中,DNA被片段化,蛋白质结合的片段会被免疫沉淀,所以产生了有蛋白质结合...
chip peak越多,phantom peak越少,则NSC和RSC的值越高,数据质量越好。 在encode的数据集中,好的chip实验对应的这两个指标数值范围在5到12之间,但是他们也发现确实有些chip实验没问题,但是这两个指标的值很低,同时这两个指标和FRip socre之间有一定的相关性,所以实际分析中,这两个指标也可以看做一个chip质量的软...
1. 计算bam文件的coverage 对于转录组数据,通常通过样本的表达谱来计算样本间的相关性,对于chip-seq等没有明确定量结果的数据,通常的策略是将基因组划分为等长的区间,称之为bin, 计算每个区间内的覆盖度,然后通过比较不同样本间的覆盖度来计算样本相关性,借助deeptools中的multiBamSummary命令,可以实现这一功能,用法...
ChIPQC是一个Bioconductor包,输入文件包括BAM和peak文件,可以自动计算一些质量评估值,并产生质量报告。 准备数据 BAM files 首先对比对过滤后的bam数据(chr12_aln.bam)建索引,然后将bam和index文件从~/ngs_course/chipseq/results/bowtie2移动到自己的目录文件夹data/bams ...
chip_seq质量评估之文库复杂度 欢迎关注”生信修炼手册”! 在ENCODE提供的一系列质控指标中针对文库复杂度,提出了以下3种指标 NRF PBC1 PBC2 NRF代表的是非冗余reads的比例,与参考基因组比对之后,我们可以得到所有比对上的reads, 其中有一部分是unique mapping的reads, 这些reads唯一比对到基因组上的一个位置,NRF就...
chip_seq质量评估之PCA分析 欢迎关注”生信修炼手册”! PCA我们称之为主成分分析,是一种经典的数据降维算法,通过将高维数据用几个主成分表示,从而将其映射到低维空间。在实际处理中,由于我们只能对二维和三维数据有直观的感受,所以通常绘制二维和三维的散点图。
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖
chip_seq是研究转录因子结合,组蛋白修饰的利器,这项技术虽然经过了很多年的发展,但是由于不同抗体的特异性,不同样本处理的复杂性,如何保证chip数据的高质量仍然是一个挑战。为了保证分析结果的可靠性,无论实验也好,分析也好,都需要一系列的质控指标,以保证最终结果的正确性。 ENCODE团队进行了大量的chip_seq数据分析...
chip_seq质量评估之FRiP Score 欢迎关注”生信修炼手册”!chip_seq是研究转录因子结合,组蛋白修饰的利器,这项技术虽然经过了很多年的发展,但是由于不同抗体的特异性,不同样本处理的复杂性,如何保证...,小鼠等4个物种的超过100种细胞类型,140多种转录因子或者组蛋白的chip实验和分析,积累了丰富的经验,并最终总结出...