DROMPAplus是一个 ChIP-seq 分析工具,可以满足各种需求,包括质量检查,标准化,统计分析和多个 ChIP-seq 样本的可视化。DROMPA 可用于任何其基因组序列可用的物种,并已应用于人类,小鼠,鸡和酵母的各种 ChIP-seq 研究。它以传统的 PDF 格式输出可视化,这对许多用户来说是更好的,特别是当与其他没有很强的生物信息...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
ChIP-seq 实验带来的海量数据向生物信息学 研究人员提出了新的挑战。由于此领域数据处理技术的发展大大滞后于实验技术进步, 有必要系统地介绍和回 顾ChIP-seq 数据处理的各个方面, 以便更多研究人员进入此领域设计或改进相应的算法。文章结合实例详细介 绍了ChIP-seq 数据整个流程, 并重点讨论了其中的主要问题和关键...
在ChIP-chip中,DNA与差异标记的参考DNA一起被荧光标记并与DNA微阵列杂交。在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方...
ChIP-seq实验设计注意事项: (1)抗体和免疫共沉淀特异性: ChIP实验的质量取决于抗体的特异性和亲和沉淀步骤中实现的富集程度。人类细胞和果蝇胚胎中的大多数ENCODE/modENCODE ChIP实验用抗个体因子和组蛋白修饰抗体进行。 抗体缺陷主要有两种类型:(1)对预期靶点的反应性差,和/或(2)与其他DNA相关蛋白的交叉反应性。
2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...
ChIP-seq实验设计注意事项: (1)抗体和免疫共沉淀特异性: ChIP实验的质量取决于抗体的特异性和亲和沉淀步骤中实现的富集程度。人类细胞和果蝇胚胎中的大多数ENCODE/modENCODE ChIP实验用抗个体因子和组蛋白修饰抗体进行。 抗体缺陷主要有两种类型:(1)对预期靶点的反应性差,和/或(2)与其他DNA相关蛋白的交叉反应性。
2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...
通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA 复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的 DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。Histone Chip-seq 一般与 ATAC-seq、RNA-seq 等一起联用。
chip-seq文库制备 illumina平台 现货供应!!! 产品名称:TruSeq ChIP Library Preparation Kit - Set A 产品货号:IP-202-1012 产品规格:12 indexes, 48 Rxns 产品亮点: illumina Truseq Chlp Library PreparationKit文库制备试剂盒用于Chlp来源DNA的染色质免疫沉淀测序文库制备。大约1.5天完成5ng DNA文库的制备。TruSe...