只在TF的ChIP-seq中存在的peak才可以视作为pioneer TF结合到关闭的染色质范围上。对于ATAC-seq的motif和TF足迹分析能够进一步整合到真实的TF的ChIP-seq中,从而降低假阳性率。同样ATAC-seq能够和组蛋白的ChIP-seq进行分析,并找到组蛋白对于染色质的开放促进还是抑制作用(与开放区域转录正相关,如H3K4me3, H3K4me1, H3...
第五步:送去测序。 Chip-seq的分析流程: 质量控制, 用到的是FastQC 序列比对, Bowtie2或这BWA peak calling,此处用的MACS peak注释, 这里用的Y叔的ChIPseeker 软件的下载和环境的配置 所需要的软件有sratoolkit, fastqc,bowtie2,samtools,macs2,htseq-count,bedtools,由于我用的是所里的大服务器,软件都已经...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》和《ATAC-seq数据分析》就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq流程! 文章是:High-throughput single-cell ChIP-seq identifies h...