首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
ggplot(mappedReads, aes(x = seqnames, y = mapped)) + geom_bar(stat = "identity") + coord_flip() TotalMapped 2. bigWig 创建 我们还可以从我们排序的、索引的 BAM 文件中创建一个 bigWig,以允许我们快速查看 IGV 中的数据。 首先,我们使用 coverage() 函数创建一个包含我们的覆盖率分数的 RLElis...
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak...
最近在忙一些chip-seq的数据分析项目,它的可视化展现比较复杂一点,自己写程序将会耗费挺长时间的,就想着利用现成的工具,前面试用了deeptools,挺好 的,但是有点慢,是python程序,如下: deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 现在换一个R程序,这个非常快速,而且绘图个人觉得稍微美观一点,大家也可以都试试看。 首先软件的...
deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 有很多读者来信,CHIP-seq数据比对后的bam文件如果根据基因组的所有基因来画热图,profile图呢? 这里隆重推荐deeptools这个软件: 第一个功能,把bam文件转换为bw格式文件: bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw 里面有一个参数非常重要,就是--extendReads 在 macs软件里面也...
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ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4) 1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 mappedReads<-idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam")TotalMapped<-sum(mappedReads[,"mapped"])ggplot(mappedReads,aes(x=seqnames,y=mapped))+geom_bar(stat="...
ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4) 1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 mappedReads<-idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam")TotalMapped<-sum(mappedReads[,"mapped"])ggplot(mappedReads,aes(x=seqnames,y=mapped))+geom_bar(stat="...
ggplot(mappedReads, aes(x = seqnames, y = mapped)) +geom_bar(stat = "identity") + coord_flip() TotalMapped 2. bigWig 创建 我们还可以从我们排序的、索引的 BAM 文件中创建一个 bigWig,以允许我们快速查看 IGV 中的数据。 首先,我们使用 coverage() 函数创建一个包含我们的覆盖率分数的 RLElist...
1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 2. bigWig 创建 我们还可...