ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位及丰度研究。 我们今天为大家...
2、使用R语言,将Hiseq定量结果,汇总成表达矩阵 setwd("D:/Rworkplace/HTSeq") Adult1 <- read.table("D:/Rworkplace/HTSeq/35_sample.count", sep="\t", col.names = c("gene_id","readsSum")) Adult2 <- read.table("D:/Rworkplace/HTSeq/36_sample.count", sep="\t", col.names = ...
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 使用MACS软件通过一定的...
9. chip-seq2(查看peak、motif、peak注释)是【推荐课程】生物信息学【实战分析】的第9集视频,该合集共计20集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
常用的可视化工具包括R语言中的Gviz和Bioinformatics等。四、CHIPseq9数据分析的应用价值1. 疾病机制研究:通过CHIPseq9数据分析,可以发现与疾病相关的基因组位点,进而揭示疾病的发生机制。例如,研究某遗传性疾病时,可以通过CHIPseq9检测到与该疾病相关的蛋白质与DNA相互作用模式。2. 药物研发:CHIPseq9数据分析可以为...
学习linux常用命令,并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释,发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结构注释和功能注释 结构注释:会将peak所落在基因组上的区域结构注释出来,比如说启动子区域,UTR区域,内含子区域等等。同时,也会将与peak最临近的基因注释出来,非常...
ChIP-seq基础入门. 徐洲更hoptop. 简书 xuzhougeng/R-ChIP-data-analysis. Github. 第四章-chip-seq数据分析. qiubio.com. 安装包时为什么会被区分安装在两个路径中,其中一个路径显示安装不成功。统计之都论坛. 改变R语言默认存储包的路径. faith默默. CSDN Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64). 揭...
那么,怎样对ChIP-seq峰的结合位置进行注释呢?本篇简介一个非常好用的R包,ChIPseeker,能够快速高效地获得预期结果。 输入数据准备 输入数据就是记录ChIP-seq峰位置的bed文件,这是ChIP-seq的常见数据格式,测序公司都会给提供的。如下示例,是在人类细胞中进行的ChIP-seq试验,经下机处理并和人参考基因组hg38比对后获得...
学习交流chenxh412, 视频播放量 5、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 几棵艰苦艰苦, 作者简介 ,相关视频:两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学,医学科研临床放射住培特训班--头颈部解剖和病变
与GREAT服务器的 R 接口 使用Meme-ChIP 富集合 part 3 Part_4 本节介绍Bioconductor Session部分对ChIPseq数据的分析: 鉴定重复的、高置信度的峰 查找条件特有和共有的峰值 Differential ChIP-seq part 4 参考资料 [1] Source:https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ChIPseq/ ...