ChIP-seq可以用来鉴定蛋白质和DNA的相互作用区域,也可以用来比较不同生物学状态的差异。 有多种工具可以用来对ChIP-seq进行差异分析(DCS),虽然这些工具有的是专门针对ChIP-seq开发的,但是仍有些软件是基于RNA-seq的模型。 在不同的生物学场景中,应用不同的差异分析方法可能对结果产生很大的影响,对下游的分析和应用...
高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外,还...
以下就是ChIP-seq的几个主要应用方向:1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq...
全基因组染色质免疫沉淀测序实验(ChIP-seq)显示,H3K36ac峰位于基因的5'端,主要位于转录起始位点远端的两个核小体上,与基因长度无关。 对于上面的这些结果,具体解析如下:作者首先利用质谱鉴定了lys36是新的乙酰化位点,接着为了验证和扩展质谱结果,作者利用PAGE分离拟南芥花序组蛋白提取物,并用抗H3K36ac的抗体进行...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...
最开始,ChIP分析通常是将分离出的DNA片段与微阵列(称为ChIP-chip)进行杂交,以确定DNA片段在全基因组中的序列。然而,随着DNA测序技术的快速发展,与DNA测序技术相关的研究日益深入 ,发展出了利用高通量测序技术对ChIP中获得的DNA片段直接进行测序的技术称为ChIP-seq。由于更高的分辨率,ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChI...
1.HOMER最完整,不需要和其他工具配合就能完成callpeak和注释,注释文件也自带提供,支持自建。相比之下其他两者主要是提供callpeak,注释需要和其他工具配合,较为复杂。其中masc2功能最单一,向画图都需要用其他工具,DROMPAplus提供画图结果,但是提供的类型也较单一。
由于更高的分辨率,ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChIP-chip有了明显的提高(Luo and Lam, 2014)。因此,ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子(TF)结合位点的流行方法。 02模式植物的ChIP实验流程 模式植物(水稻和拟南芥)的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先,用甲醛处理...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...