③去PCR重复所需软件:fastuniq ④比对所需软件:bowtie2、samtools、bedtools ⑤call peak所需软件:SICER ⑥绘图所需软件:R或者Rstudio ⑦可视化工具:IGV 前五个所需软件均可以使用conda安装,见上一篇文章《Conda 安装软件万能链接》:Conda安装软件万能链接 R安装链接:https://www.r-project.org/ Rstudio下载地址:...
将测序reads与参考基因组进行比对,可以使用bwa工具进行比对。 #运行bwa命令bwa mem reference.fasta input.fastq.gz > output.sam 1. 2. 这里需要将"reference.fasta"替换为参考基因组的路径,"input.fastq.gz"替换为原始测序数据的路径,"output.sam"替换为比对结果的输出文件。 3. 去除PCR重复 根据比对结果,我们...
1.比对软件有很多,本次使用bowtie2进行比对 #构建索引 /data/pub/zhanglp/biosoft/bowtie/bowtie2-2.3.4/bowtie2-build TAIR.fa TAIR ###开始比对 for i in `ls ./clean`; do /data/pub/zhanglp/biosoft/bowtie/bowtie2-2.3.4/bowtie2 -x TAIR -U /data/pub/zhanglp/project/chip-seq/clean/...
使用MACS获得Chip-seq富集区 使用IGV工具可视化 使用ROSE筛选super-enhancer 下载Chip-seq原始数据 文献中提到,其原始数据上传在NCBI的GEO Dataset数据库中,编号GSE76861,在NCBI数据库中搜索到结果 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76861 在Samples栏目下,可以看到其上传的所有数据(点击More...
ChIP-Seq 常用分析流程 分析流程大同小异。 Tips:可以看些综述、博士论文、公司的分析报告让自己更好的了解ChIP-seq背景知识、发展脉络以及应用方向。 Brief Bioinform, 18 (2), 279-290 2017 二、数据下载与比对 2.1 数据下载 2.1.1 使用 prefetch 下载数据 prefetch srrID #单个文件下载 prefetch --option-...
整个流程涉及多个软件工具，如trim_galore、bowtie2、gatk、bamCompare、awk、sort、bedtools、bamCoverage等，每一步骤都对数据质量控制、序列比对、重复序列去除、数据格式转换、统计分析、结果可视化等方面有重要影响。从数据准备到结果呈现，每一步都需细心操作以确保分析的准确性和可靠性。请注意，实际...
Chip-seq分析流程 流程的一些关键点分析: 我们的Peak是如何找出来的?Callpeak的流程(MACS2) 1. 质控 (quality control) 首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...
写在前面:《一篇文章学会ChIP-seq分析(上)》《一篇文章学会ChIP-seq分析(下)》为生信菜鸟团博客相关文章合集,共九讲内容。带领你从相关文献解读、资料收集和公共数据下载开始,通过软件安装、数据比对、寻找并注释peak、寻找motif等ChIP-seq分析主要步骤入手学习,最后还会介绍相关可视化工具。