因此,一种实用的策略是采用较为宽松的阈值获得大量包含真实阳性信号和干扰信号的peaks,然后使用另一种方法进一步提取以提高特异性(如使用不重复的发现率(IDR))在生物学重复中选择一致的信号。 (6)ChIP-seq 数据质量评估 ChIP-seq样品的质控(QC)对于判断测序...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实...
为了使ENCODE数据通过提交标准,使用IDR方法通过分析确定一致性,如果未达到标准,则需要进行第三次重复。通过IDR确定用于后续分析的高度可重复peak的截止值(通常使用1%的阈值)。 本ChIP实验设计指南确保了ChIP-seq实验能够产生高质量、可重复的数据,这对于后续的分析和生物学发现至关重要。通过遵循这些标准,研究人员可以提高...
多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。 表1: ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋...
ChIP-seq peaks也可用于功能富集分析。该分析将附近基因作为潜在靶点进行双向标记或定量排序,并通过GO或KEGG分析对其进行分组。 (11)染色质状态注释 染色质状态注释,也称为半自动基因组注释(semi-automated genomic annotation,SAGA),使用非监督学习方法,通过特异性表观基因组模式(如启动子,增强子,转录区域和抑制区域)...
来自独立细胞培养物、胚胎库或组织样本的生物重复实验用于评估可重复性。初始 RNA 聚合酶 II ChIP-seq 实验表明,两个以上的重复没有显著改善位点发现。因此ENCODE联盟设置了标准,即所有ChIP检测都将在两个独立的生物重复上进行。不可重复发现率(IDR)分析方法现在被用于评估重复一致性和设置阈值。
来自独立细胞培养物、胚胎库或组织样本的生物重复实验用于评估可重复性。初始 RNA 聚合酶 II ChIP-seq 实验表明,两个以上的重复没有显著改善位点发现。因此ENCODE联盟设置了标准,即所有ChIP检测都将在两个独立的生物重复上进行。不可重复发现率(IDR)分析方法现在被用于评估重复一致性和设置阈值。
ChIP-seq peaks也可用于功能富集分析。该分析将附近基因作为潜在靶点进行双向标记或定量排序,并通过GO或KEGG分析对其进行分组。 (11)染色质状态注释 染色质状态注释,也称为半自动基因组注释(semi-automated genomic annotation,SAGA),使用非监督学习方法,通过特异性表观基因组模式(如启动子,增强子,转录区域和抑制区域)...
来自独立细胞培养物、胚胎库或组织样本的生物重复实验用于评估可重复性。初始 RNA 聚合酶 II ChIP-seq 实验表明,两个以上的重复没有显著改善位点发现。因此ENCODE联盟设置了标准,即所有ChIP检测都将在两个独立的生物重复上进行。不可重复发现率(IDR)分析方法现在被用于评估重复一致性和设置阈值。
ChIP-seq的一项关键分析是,通过显著数量的mapped reads来预测ChIPed蛋白在基因组上的结合区域。 灵敏度与特异度的平衡取决于合适的peak calling算法和归一化方法。 以ChIPed蛋白的类型为基础,分为: 点源性因子(point-source)如绝大多数TFs 广域富集因子如组蛋白标记 ...