1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 ChIPseq 1.1. 实验处理 ChIPseq2 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。 添加 末端修复、A 尾和 Illumina adapters。 从任一端/两端测序。 2. ...
一、chip-seq的原理:(1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白…
01 染色质免疫共沉淀简介 蛋白质-DNA相互作用的全基因组图谱和表观遗传标记对于充分理解转录调控是必不可少的。染色质免疫沉淀(Chromatin immunoprecipitation,ChIP)是一种在体内分离与特定蛋白结合的DNA片段的有效方法(Solomon et al., 1988)。这项技术可以将感兴趣的蛋白质与物理上和蛋白质结合的DNA片段共沉淀。DNA...
一般情况下,分析得到差异显著的峰的个数随着reads数目的增加而以稳定的比例增加(图中实线所示),这种情况下reads的数目没有饱和。但是,当对Chip样品和Input DNA样品的峰之间的差异定义一个最小的富集阈值后,分析得到的新峰的比率逐渐减小(图中虚线所示),这时,当分析足够具有显著差异peaks数目的时候,结合位点数目的饱和...
将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测...
比对(hisat2):hisat2将目标文件与基因组文件比对获得sam文件,在用samtools转化为bam文件,之后进行下一步分析。 主要用到以下软件: fastp,fastqc,hisat2,samtools 从0开始的步骤 1.安装软件: ssh连接实验室服务器(linux)。在服务器中源代码安装: hisat2,samtools,FastQC ,fastp 从官网下载源代码安装包,解压。进...
染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 1.1. 实验处理 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。 添加 末端修复、A 尾和 Illumina adapters。 从任一端/两端测序。
点这里看解析表观遗传学的工具——ChIP-seq(一)。 05 ChIP-seq实验的应用 5.1 研究组蛋白的修饰情况 在前面的文章中我们简单提了提组蛋白的修饰,为了让大家能够更清楚、更直观地理解这个概念,小远还是决定给大家再介绍一些基础知识,这里先帮大家温故一下核小体的概念:核小体是染色质的基本结构单位,由组蛋白八...
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2020年03月,《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章,详细介绍了染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享: 一、介绍(Introduction)