这样,我们就得到了文章中常见的 Chip-seq 峰图,其中 y 轴表示映射到的片段拷贝数,代表 Chip-seq 的信号强度,而 x 轴表示基因组坐标。 Chip-seq 的应用 确定蛋白质-DNA 结合位点:利用特异性抗体捕获蛋白质(例如组蛋白或转录因子),Chip-seq 能够揭示这些蛋白质在基因组上的结合区域 精确定位 RNA polymerase II...
2. 数据格式 原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 ...
高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外,还...
一、chip-seq的原理: 二:chip-seq的操作流程(粗略): 三、chip-seq的分析流程(粗略): 四、IGV可视化: 一、chip-seq的原理: (1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修...
ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序,是指通过染色质免 1)FastQC用于简单的质量控制(quality control),FastQ_Screen用于检查测序数据有无污染; 2)经过质控的reads通过bowtie2与参考基因组比对; 3)ChIP-seq peaks则用MACS2进行分析; 4)这些peaks则通过ChIPseeker进行注释,motif预测则使用HOMER; ...
03从公共数据库下载ChIP-seq数据 表1.ChIP-seq 公共数据库 04用于组蛋白修饰的ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。由于来自非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会混淆分析,因此应使用多种抗体验证意外的ChIP-seq结果。
ChIP-seq 分析:原始数据质控(2) 1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 1.1. 实验处理 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...