ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)是一种高通量测序技术,用于研究蛋白质-DNA 相互作用和基因组中的染色质修饰。它结合了免疫沉淀和测序技术,广泛应用于基因组学和表观遗传学研究。 chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 交联:使用化学交联剂(如甲醛)将蛋白质与 DNA ...
这样,我们就得到了文章中常见的 Chip-seq 峰图,其中 y 轴表示映射到的片段拷贝数,代表 Chip-seq 的信号强度,而 x 轴表示基因组坐标。 Chip-seq 的应用 确定蛋白质-DNA 结合位点:利用特异性抗体捕获蛋白质(例如组蛋白或转录因子),Chip-seq 能够揭示这些蛋白质在基因组上的结合区域 精确定位 RNA polymerase II...
ChIP-Seq:用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2. 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将...
因此，ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子（TF）结合位点的流行方法。02模式植物的ChIP实验流程 模式植物（水稻和拟南芥）的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先，用甲醛处理细胞，使DNA结合蛋白在体内与DNA交联。接下来，细胞被裂解，染色质被超声波切割成小片段，然后使用...
ChIP-Seq:用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染...
1.ChIP-Seq 1)实验原理 甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600 bp范围内,再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,纯化之后进行文库的构建并测序。 2)实验流程 图1. ChIP-Seq实验流程 ...
4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。 针对ChIP-seq这4个方面的应用,为了让大家能更好地理解文献举例里面的内容,小远决定在这里先给大家把基础打牢,如果不清楚基本概念,那么有些实验结果可能会比较难理解,所以...
seqnames(macsPeaks_GR)macsPeaks_GR ranges(macsPeaks_GR)macsPeaks_GR GRanges 对象可能附加了元数据...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因...