染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
4.一般在做CHIP-Seq时，会加入一组空白对照，提高峰（Peak）质量，这是为什么？①一般检测出的峰值会...
1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，进一步分析结合位点的保守motif；2、确定转录因子调控的下游基因。Histone ChIP-seq适用场景：1、确定全基因组区域内组蛋白修饰位点情况；2、检测同一种组蛋白修饰在不同实验处理或不同发育时期的修饰差异，再结合转录组数据，考察该种组蛋白修饰对基因表达的调控作用；3、比...
定位基因组中DNA结合蛋白的结合位点对基因调控网络的解码至关重要。染色质免疫沉淀(ChIP)和高通量测序(ChIP-seq)是一种广泛应用于识别体内特定蛋白结合的DNA区域的方法。从ChIP-seq中获得的信息能够极大地促进我们对植物中转录因子、辅助因子和组蛋白修饰...
ChIP-seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测序。研究人员获得数百万条序列后将对应到基因组上,从而获得全基因组内组蛋白修饰水平、转录因子结合位点的信息[1,2]。
PhoB结合位点相对于ChIP-seq peaks中心区域位点分析。 ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个...
图1:ChIP-seq 在全基因组范围内鉴定APIP5 结合位点和motifs 图2:水稻APIP5兼具转录因子和RNA结合活性调控细胞死亡和免疫反应 关于植物染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可...
ChIP-seq结合GEPIA2和Kaplan-Meier数据库分析表明,4号染色体的结构维持(SMC4)是FoxO1的下游靶标,FoxO1通过与其-1400/-1390 bp启动子结合来促进SMC4转录。SMC4高表达显著阻断了FoxO1敲低的肿瘤抑制作用。此外,FoxO1通过转录激活甲基转移酶样14(METTL14)并增加其编码序列区域上的SMC4 m6A甲基化来增加SMC4 mRNA丰度。
ChIPSeq技术在转录因子结合位点分析的应用 摘要:染色质免疫沉淀Chromatin immunoprecipitaion, ChIP技术是用来研究细胞内特定基因组区域特定位点与结合蛋白相互作用的技术。将ChIP与第二代高通量测序技术相结
PhoB结合位点相对于ChIP-seq peaks中心区域位点分析。 ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个...