1、 关于组蛋白、甲基化、转录因子、结合位点和CHIP-Seq1)染色质:真核细胞分裂间期的细胞核内的一种物质,这种物质的基本化学成分为脱氧核糖核酸核蛋白(核蛋白就是由DNA或RNA与蛋白质形成的复合体),主要由DNA和组蛋白构成,也含有少量的非组蛋白和RNA。由于它可以被碱性的染料染色,所以称为染色质。在细胞的有丝...
这表明OsJMJ718可能是一种组蛋白H3K9me 1/3去甲基化酶(图3) 图3. OsJMJ718是H3K9me1/3去甲基化酶 4、OsJMJ718活性的功能丧失导致数千个基因的H3K9me3增加 作者进一步研究OsJMJ718是否通过靶基因的H3K9me3水平调节其表达,为此进行了ChIP-seq,以分析WT和OsJMJ718-CR萌发种子中的全基因组H3K9me3谱。OsJMJ71...
由于组蛋白修饰的类型众多,因此在描述组蛋白修饰时一般按照“组蛋白名称 + 氨基酸名称 + 氨基酸位置 + 修饰类型”的规则进行描述,例如:H3K4me1和H3K27ac,其具体的含义在前面的文章中已经介绍过了,这里就不再解释了。 下面我们以组蛋白乙酰化和甲基化为例,浅谈一下ChIP-seq技术在这方面的应用,通过上面的介绍,大...
通过免疫沉淀结合定量质谱分析鉴定出BRWD3与H3K4特异性组蛋白去甲基化酶5(KDM5/Lid)之间的相互作用,KDM5是一种从H3K4中去除三甲基和二甲基标记的酶。此外染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)数据分析显示,BRWD3和KDM5在全基因组中显著共定位,且H3K4me3在BRWD3结合位点高度富集。BRWD3促进K48连接多泛素化和KDM5降解,...
通过免疫沉淀结合定量质谱分析鉴定出BRWD3与H3K4特异性组蛋白去甲基化酶5(KDM5/Lid)之间的相互作用,KDM5是一种从H3K4中去除三甲基和二甲基标记的酶。此外染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)数据分析显示,BRWD3和KDM5在全基因组中显著共定位,且H3K4me3在BRWD3结合位点高度富集。BRWD3促进K48连接多泛素化和KDM5降解,...
关于组蛋白、甲基化、转录因子、结合位点和CHIP-Seq 1)染色质：真核细胞分裂间期的细胞核内的一种物质，这种物质的基本化学成分为脱氧核 糖核酸核蛋白(核蛋白就是由DNA或RNA与蛋白质形成的复合体)，主要由DNA和组蛋白构成，也含有少量的非组蛋白和RNA。由于它可以被碱性的染料染色，所以称为染色质。在细胞的有丝...
ChIP-seq将DNA上的组蛋白修饰/蛋白结合区域富集后进行测序，因此组蛋白修饰/蛋白结合区域，IP文库所覆盖...
JmjC家族蛋白是一类重要的组蛋白赖氨酸去甲基化酶,在调控基因表达和水稻发育中具有一定的功能。此研究利用RT-qPCR检测种子萌发过程中的JmjC基因表达水平,发现OsJMJ718可能参与了种子萌发。OsJMJ718序列为6468bp,包含7个外显子和6个内含子(图1a),其ORF长1140bp,编码一个380aa的预测蛋白。进化分析表明,OsJMJ718与拟...
作者采用全基因组方法,进行RNA测序(RNA-seq)分析和不同环境温度下植物的H3组蛋白36号赖氨酸三甲基化(H3K36me3)的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)。对这些数据集的分析和比较表明,温度诱导的差异剪接基因在H3K36me3中富集。此外,作者发现H3K36me3沉积的减少会导致温度诱导的选择性剪接的改变。
H3K4me3 ChIP-seq是一种用于研究组蛋白甲基化的技术。它专注于组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化修饰,这是基因激活的重要标志。 H3K4me3 ChIP-seq的优势高通量检测: 这项技术能够高通量地检测基因组上的H3K4甲基化修饰,为研究者提供了丰富的数据。跨物种应用: 它的抗体已经完全商业化,可以用于多个物种的检测。多年实验...