1. 片段长度评估 片段长度的预测是 ChIPseq 的重要组成部分,它会影响峰识别、峰识别和覆盖概况。 使用互相关或交叉覆盖可以评估按链进行的读取聚类,从而衡量质量。 fragment 在ChIPseq 中,通常是 dsDNA 的短单端读取。 片段的 5' 将在“+”链上测序 片段末端的 3' 将位于“-”链上。 虽然我们只有部分链序列...
典型的交叉相关图会产生两个峰:一个富集峰与主要的片段长度(predominant fragment length)相关(高相关性),另一个与read 长度(read length)相关,这个峰也被称为虚幻峰(“phantom” peak)。 质量好的ChIP-Seq数据集倾向产生一个大的片段长度峰(fragment-length peak),下图展示了一个来自于人细胞CTCF(zinc-finger t...
打断后的染色质片段的长度应主要集中在200-1000bp左右。 温馨提示:进一步的片段长度要求如下 1)如果下游衔接的是NGS二代测序,那么DNA片段长度集中在200-500 nt左右更好。 2)如果下游衔接的是荧光定量PCR,那么DNA片段长度集中在300-1000 nt左右更好。 上图为使用MNase酶切染色质后得到的DNA小片段2%琼脂糖电泳后的...
可以理解为文库插入片段长度在200-400bp之间，若Input/IP DNA分布存在异常，则当投入相同量的模版，实际...
ChIP-seq的基本原理 1. **交联(Cross-linking)**: - 使用甲醛等化学试剂将细胞内的蛋白质和DNA交联在一起,以固定蛋白质-DNA复合物。 2. **染色质制备(Chromatin Preparation)**: - 细胞裂解后,通过超声波或酶切将染色质片段化,通常片段长度在200-500 bp之间。 3. **免疫沉淀(Immunoprecipitation)**: -...
IP下的DNA后续用于高通量测序建议片段长度在200-500bp。以上示意图中, 片段从Lane1泳道可以看出DNA的完整性较好,从Lane2可以看出DNA片段化较为均一,主要集中在100-500bp,这样结果可用于后续富集测序分析。 03 设置对照组 ENCODE和modENCODE计划发表的ChIP-seq实验指南一文中指出为了数据分析的准确性一定要设置对照组...
全基因组分析:结合下一代测序技术(ChIP-seq),ChIP实验可以用于全基因组范围内的蛋白质-DNA相互作用分析,提供高分辨率的基因组结合图谱。 使用场景举例: 如果您对一种特定的转录因子如何在不同发育阶段调控基因表达感兴趣。你可以在胚胎发育的不同阶段进行ChIP实验,使用针对该转录因子的抗体来沉淀与其结合的DNA片段。通...
1. 引物长度 Chip引物的长度通常在18-30个碱基对之间,过短的引物可能会导致非特异性结合,而过长的引物则可能导致低效率的富集。适当选择引物长度可以增加特异性和灵敏度。 2. 引物GC含量 Chip引物的GC含量应该在40-60%之间。低GC含量可能导致非特异性结合,而高GC含量则可能导致引物在富集过程中难以与目标DNA结合...
纯化得到的DNA通过ChIP-qPCR定量测定其水平，也可以通过ChIP-seq进行分析。五、ChIP实验注意事项 ChIP实验操作看相对简单，但是实验耗时长，通常需要至少一周的时间完成一次实验，过程繁琐，每一步都很考验实验操作技术，所以看似简单的实验其实需要注意的事项很多。工欲善其事，必先利其器，下面我们一起来看下具体有哪些...
IP下的DNA后续用于高通量测序建议片段长度在200-500bp。以上示意图中, 片段从Lane1泳道可以看出DNA的完整性较好,从Lane2可以看出DNA片段化较为均一,主要集中在100-500bp,这样结果可用于后续富集测序分析。 03 设置对照组 ENCODE和modENCODE计划发表的ChIP-seq实验指南一文中指出为了数据分析的准确性一定要设置对照组...