甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600bp范围内。再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。最后,去交联并对纯化后DNA进行PCR扩增,高通量测序,最后与已有基因组序列进行比对,以确定 DNA与蛋白质结合的序列。 问题分析 1.甲醛交联对后续...
染色质免疫共沉淀-高通量测序（ChIP-Seq）：是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集与目的蛋...
ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslink)释放结合蛋白的DNA片段,最后测序获...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要手段之一,它广泛用于全基因组组蛋白修饰、转录因子和其他蛋白-DNA互相作用研究。ChIP-seq作为爱基百客的王牌产品,已用多篇项目文章证明实力。 组织水平的ChIP-seq技术需要使用超声/酶切打断交联的基因组片段,然后用特异性抗体富集含有目的蛋白结合的基因组片段,...
ChIP-Seq:用于构建目的蛋白的DNA互作组数据,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。 ChIP-qPCR:用于验证目的蛋白和候选DNA的相互作用关系,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。 ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证技术价值: (1)蛋白与DNA相互作用数据,是探究转录调控机制研究的重要内容,体现机制研究的深度,能...
解交联:洗脱得到抗体-目的蛋白-DNA复合物,去除非特异性结合的DNA片段,使用蛋白酶K/NaCl处理进行解交联,最后将DNA片段纯化回收。 验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证。 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图...
传统的CHIP-seq技术 对于DNA结合蛋白，CHIP-seq实验的目的是得到丰富的与特定蛋白结合的DNA。该过程包括...
解交联:洗脱得到抗体-目的蛋白-DNA复合物,去除非特异性结合的DNA片段,使用蛋白酶K/NaCl处理进行解交联,最后将DNA片段纯化回收。 验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证。 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。
将ChIP与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白,转录因子等互作的DNA区段。 ChIP-seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测序。研究人员获得数百万条序列后将对应到基...