ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...
通过这个例子我们可以看到,如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么,可以用ChIP-seq的方法,筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子,用到的方法是ChIP-qPCR(本文献中写的是ChIP-PCR)的方法哦! 5.3 ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子(TFs)的结合位点和基因表达。对植物、...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因...
研究中利用Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq和RNA-seq探讨了启动子与增强子之间的远程互作重连,其中H3K27ac是活性增强子的典型组蛋白标记物,通过分析H3K27ac的分布来比较增强子和启动子影响转录活性的差异。 05 应用方向及案例分享 上面谈了组蛋白ChIP-seq的多组学分析思路,下面再来看看它的应用方向。组蛋白修饰会影响核...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
3)ChIP-seq联合RNA-seq分析获得共结合并调控转录表达的靶标基因集(下左图),富集分析显示这些靶标基因主要参与光信号生物学过程(下右图),如“避荫”、“生长素生物合成过程”、“对远红光响应”等Term。 4)IGV可视化展示了PIF7及bHLH60蛋白与光信号通...
图1:ChIP-seq技术流程示意图 三、染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)信息分析流程 图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就...