一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R1.fg.gz out.R2.fg.gz -o 输出路径 -t 线程数量 运行结束后生成两个文件一个.html网页文件,一个是....
1:ChIP-Seq数据是基因组特异性富集的序列的测序结果,包括组蛋白修饰ChIP-Seq(H3K4me3/启动子相关/narrowpeak、H3K4me1/增强子相关/narrowpeak、H3K27ac/增强子相关/broadpeak)、转录因子ChIP-Seq(CTCF/绝缘子相关/narrowpeak、pol II/转录起始/narrowpeak)、DNA富集序列(DNase-Seq/弱DNA酶消化/活性区域、MNase-Seq/...
ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)是一种高通量测序技术,用于研究蛋白质-DNA 相互作用和基因组中的染色质修饰。它结合了免疫沉淀和测序技术,广泛应用于基因组学和表观遗传学研究。 chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 交联:使用化学交联剂(如甲醛)将蛋白质与 DNA ...
2. 数据格式 原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 ...
chip-seq数据分析完整结果 chip seq分析,染色质免疫沉淀后测序(ChIPseq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,Ch
R语言实现CHIP-seq数据分析 ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位...
转录因子ChIP-seq数据分析的关键技术是将测序数据转化为生物学意义的信息,这需要多步骤的数据处理和分析。以下是一些关键技术: 2.1 数据质量控制 数据质量控制是ChIP-seq数据分析的第一步,目的是确保测序数据的准确性和可靠性。常见的数据质量控制技术包括: - 测序错误校正:通过比对原始测序数据与参考基因组,校正测序过...
2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释(Peak_anno) ...
ChIP-Seq是一种研究蛋白质与DNA相互作用和表观遗传变化的技术，其工作流程分为两部分：ChIP（染色质免疫沉淀）和测序（Sequencing）。ChIP-Seq数据分析目标是识别富集了蛋白质或特定组蛋白修饰的基因组区域，称为峰（peaks），并分析其功能意义。该技术能够揭示转录因子结合位点、组蛋白修饰及其他DNA结合蛋白...
ChIp-seq技术，即染色质免疫共沉淀技术，主要应用于研究蛋白质与DNA在体内的相互作用，特别是转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。分析流程首先需要获取分析目标的fastq文件，然后进行质控分析，包括去除接头和数据质量查看。质控分析使用的软件有fastp、fastqc等。在从零开始的步骤中，首先需要安装相关软件...