在 ChIP-PCR 或 ChIP-seq 中,使用广泛提供的 PCR 或 qPCR 试剂和下一代测序 (NGS) 技术便能检测和定量免疫富集的 DNA 片段。ChIP 可以用来回答大量涉及蛋白和染色质相互作用的科学问题。例如,ChIP 可用来比较某些蛋白在各位点上的存在情况,绘制某个目的基因组区域内的各种蛋白图,或定量能够在受到刺激一段时间后...
因此,ChIP-Seq是研究细胞内蛋白/DNA互作调控网络的常规前置技术。 ChIRP-Mass是一种检测细胞内RNA/蛋白互作组的高通量技术。该技术通过联合探针Pulldown共沉淀技术和质谱检测技术,对目的RNA在特定细胞/组织内的互作蛋白,进行系统的检测和分析。该技术适用于目的RNA在特定细胞/组织中的蛋白互作组数据检测,或用于不同...
1.酵母单杂交技术酵母单杂交技术是1993年由酵母双杂交技术发展而来的,其基本原理为:真核生物基因的转录起始需转录因子参与,转录因子通常由一个DNA特异性结合功能域和一个或多个其他调控蛋白相互作用的激活功能域组成,即DNA结合结构域(DNA—bindingdomain,BD)和转录激活结构域(activationdomain,AD)。用于酵母单杂交系统...
酵母单杂交是在酵母双杂交的基础上发展起来的技术,酵母单杂交主要用于研 究蛋白质和 DNA 的相互作用,而酵母双杂交主要是用于研究蛋白质间的相互作 用。 酵母双杂 酵母双杂交系统由 Fields 和 Song 等首先在研究真核基因转录调控中建立 。典型的真核生 物转录因子,如 GAL4、GCN4、等都含有二个不同的结构域:...
5)Pull-down及免疫共沉淀(CoIP)实验进一步证明了bHLH48或bHLH60可以与PIF7结合。 上述结果表明,bHLH48和bHLH60可以直接与PIF7相互作用,转录激活功能可能需要蛋白间相互作用实现。 五、ChIP-seq及相关实验证明bHLH60与PIF7共同调控靶标基因的表达 1)作者...
RNA-seq发现敲除NCoR/SMRT可在重编程后期激活多能性基因基因过表达/干扰结果显示NCoR/SMART抑制重编程需要借助HDAC3去乙酰化酶活性H3K27ac的ChIP实验表明HDAC3通过诱导多能基因位点的组蛋白去乙酰化来抑制重编程NCoR/SMRT的ChIP实验表明NCoR/SMRT通过HDAC3介导的组蛋白去乙酰化抑制多能基因激活COIP和ChIP等表明c-MYC与...
研究方法:acRIP-seq、mRNA-seq、CHIP-seq、Coip-MS 研究主题: 本研究旨在阐明NAT10在心肌铁下垂中的作用及其机制。研究结果揭示了p53和NAT10相互依赖地合作形成一个正反馈途径,促进心肌细胞铁下沉,加剧心脏I/R损伤。该研究成果提供了靶向NAT10/Mybbp1a/p53可能是治疗心脏I/R的新方法 ...
这些实验对染色质的完整性、抗原表位的稳定性以及免疫沉淀抗体的特异性较为敏感。这些变量在所研究的蛋白质与DNA相互作用具有较低的丰度和稳定性时变得更为关键。 ChIP实验可以主要包括以下几个步骤:(absin提供以下免疫(共)沉淀(IP/CoIP)试剂盒,可以根据样品和实验的需求进行了解) ...
(3)抗体关键质控:抗体特异性与亲和效价要高,尽量采用标签抗体或经过CoIP效果验证的抗体。抗体质量参差不齐(WB能检测到预期条带不到1/2,能检测到良好结果的不到1/4)和存在非特异性结合(几乎所有的抗体都存在非特异结合,部分非特异结合条带远大于目的条带),ChIP-Seq需做WB和IP-WB质控。抗体可参考数据库(Validate...
5.DNA纯化和分析：纯化DNA，并通过PCR、qPCR、ChIP-seq等方法分析DNA序列，确定蛋白质的结合位点。应用 ...