一、chip-seq的原理: (1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修饰在某个基因组区域的相对丰度,可用来回答涉及蛋白质和染色质相互作用的问题; (2)ChIP用来确定蛋白质与DNA...
三、干货系列:高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇 此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路,进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下...
Chip-seq可以用于研究转录因子(TF)与DNA的结合,从而帮助鉴定TF的结合位点。这有助于理解转录因子调控基因表达的分子机制。 3.2 Chip-seq可以用于鉴定DNA的甲基化位点,甲基化是一个重要的表观遗传修饰形式,与基因表达和疾病发生有密切关系。通过Chip-seq技术,可以全基因组范围内鉴定甲基化位点,进一步理解甲基化调控的生...
01 染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）技术原理 蛋白质与DNA相互识别是基因转录调控的关键,也是启动基因...
ChIP-seq项目文章 1、通过锌指结构插入激活特定DNA位点上的重组酶 文章题目：Activation of recombinases ...
应用:验证ChIP-seq数据中的特定结合位点,或者在没有进行全基因组测序的情况下,检测特定区域的蛋白质-DNA相互作用。 (2)Co-IP (共免疫沉淀): 原理:使用一种特异性抗体捕获目标蛋白及其相互作用的伴侣蛋白,从而鉴定蛋白质复合物。 应用:研究蛋白质-蛋白质相互作用,特别是在表观遗传调控复合物的研究中非常有用。
染色质免疫沉淀技术（Chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法，主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq两种；其中ChIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知DNA片段，ChIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知DNA片段。染色质免疫沉淀ChIP实验原理 先用甲醛交联细胞内“蛋白-DNA”复合物，并...
seq指的是二代测序方法 作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用:常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白(组蛋白,转录因子等)与染色质交联固定起来 mark 2、从细胞裂解液分离基因组DNA,通过超声打断DNA为一定长度的小片段 ...