确定蛋白质-DNA 结合位点:利用特异性抗体捕获蛋白质(例如组蛋白或转录因子),Chip-seq 能够揭示这些蛋白质在基因组上的结合区域 精确定位 RNA polymerase II 及转录因子结合位点:RNA polymerase II 是真核生物中负责转录蛋白质编码基因的主要酶,Chip-seq 有助于准确识别 RNA polymerase II 及其可能的同系物在基因组上...
通过将蛋白质与DNA交联,并使用特定的抗体将目标蛋白质与DNA结合位点进行富集,最后进行测序和分析,可以获得蛋白质与DNA结合的信息。 2. Chip-seq Chip-seq技术包含以下几个主要步骤: 2.1 将细胞/组织中的蛋白质与DNA进行交联,以固定蛋白质与其结合的DNA序列。这可通过甲醛等交联剂进行。 2.2 将细胞核提取,并使用...
因细胞类型而异 偏向启动子区域的片段会在ChIP 和对照样品中的启动子上引起ChIP-seq富集 2、测序的影响 Reads 长度 较长的 Reads 和双末端 Reads 可提高匹配率 对于等位基因特异性染色质事件,转座因子研究是必需的 避免分批次 序列输入对照的深度等于或大于IP样本 测序深度 对于转录因子:最小5-10M 对于组蛋白修饰...
一、技术贴|ChIP-seq技术简介 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺...
ChIP指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序,那么ChIP-seq实际上也就是染色质免疫共沉淀+二代测序的一个过程。ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况,所以目前的ChIP-Seq 研究主要包括两大类应用——TF ChIP和Histone ChIP: ...
seq指的是二代测序方法 作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用:常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白(组蛋白,转录因子等)与染色质交联固定起来 mark 2、从细胞裂解液分离基因组DNA,通过超声打断DNA为一定长度的小片段 ...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)技术原理 蛋白质与DNA相互识别是基因转录调控的关键,也是启动基因转录的前提。ChIP技术是在全基因组范围内检测DNA与蛋白质体内相互作用的一种标准方法[1],该技术由Orlando等[2]于1997年创立,最初用于组蛋白修饰的研...
ChIP-seq是将染色质免疫沉淀技术（ChIP）与新一代测序技术（NGS）相结合[1]，能够高效地在全基因组...