ChIP-qPCR和普通逆转录-qPCR的引物设计有很大不同。 普通逆转录 qPCR引物设计里一个很重要的原则是引物序列要跨内含子,目的就是把cDNA模板和genomic DNA模板区分开来,避免引物结合到残留的genomic DNA模板上,导致假阳性非特异性扩增信号。 而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。 二、引物设计 2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。 对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预...
1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就越大,丢失的...
chip检测的是转录因子与基因启动子区的结合情况因此引物设计要选择目的基因启动子区chip试验中启动子区一般选在转录起始位点上游1000bp的dna片段或者为了保险选择02000bp引物设计原则跟普通的引物相同但是超声后dna被打断所以pcr产物要尽量短一些通常设计长度为200bp左右即可因为产物长度越长这段dna被打断的可能性就越大越...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
二、ChIP-qPCR引物设计: 接上,放大之后华友6000多长,而且peak看的更清楚了: 继续放大,只有250bp。嗯,刚好,因为我们做chip-qpcr验证的时候,设计引物扩增出来的片段最好是在100-150就行。 所以我接着就要拿这一段250bp的序列去设计引物。如下获取dna序列...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
qPCR 引物设计的原则包括: (1)稳定性:qPCR 引物的稳定性是指引物的稳定性,也就是指引 物在 PCR 反应条件下的热稳定性、pH 稳定性、抗溶剂稳定性和抗 酶稳定性。 (2)特异性:qPCR 引物的特异性是指引物在 PCR 反应的特定温 度下可以专门杂交成功,以保证 qPCR 实验的准确性。 (3)可检测性:qPCR 引物的可...
(1)ChIP检测的是转录因子与基因启动子区的结合情况,因此引物设计要选择目的基因启动子区,ChIP试验中启动子区一般选在转录起始位点上游1000bp的DNA片段(或者为了保险些选在2000bp),一般实验的时候选择的是转录起始位点上游2000bp的片段。 (2)引物设计原则跟普通的引物相同,但是,超声后DNA被打断,所以PCR产物要尽量短一...