对于阴性对照的引物,可按照同样的方法,选择没有Peak富集的区域进行设计。 ——引物设计Tips—— 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,...
对于阴性对照的引物,可按照同样的方法,选择没有Peak富集的区域进行设计。 引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP...
对于阴性对照的引物,可按照同样的方法,选择没有Peak富集的区域进行设计。 引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP...
样本内对照(Input管、IgG管、Anti-target管) 在做ChIP-qPCR实验中,同一个样本需要分成3份(Input管,IgG管,Anti-target antibody管),准确说是4份,因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用...
ChIP实验是通过抗体把DNA-Protein 的复合物沉淀下来,然后对与蛋白结合的 DNA 进行纯化, 随后,进一步对DNA 进行普通PCR, qPCR 或者测序等实验来分析结果。那如何来评价和计算ChIP-PCR的结果呢? 一般情况下,一次严格的ChIP 实验会设置阳性对照组、阴性对照组、目的蛋白组及input对照。我们通常看到普通PCR 的结果是图1...
第2步的作用是计算每个样品的富集倍数,也就是抗体拉下来的DNA的量,和input相比,百分比是多少;3-4步是指向对于阴性对照(IgG)来说,目标蛋白的抗体来下DNA是多少倍于IgG拉下来的背景值;5-6步是计算两个样品之间的比值的。 qPCR的结...
CUT&Tag Pro试剂盒(Vazyme #TD904)在不同细胞投入量的293细胞中对组蛋白H3K4me3体系进行了CUT&Tag-qPCR实验,本试剂盒可兼容100 - 100,000细胞,在低细胞投入量下仍有良好表现。对于不同丰度的靶点我们也对多个目的基因设计了引物进行检测,相较于阴性对照IgG,实验组中目的基因均有显著富集。
样本内对照(Input管、IgG管、Anti-target管)在做ChIP-qPCR实验中,同一个样本需要分成3份(Input管,IgG管,Anti-target antibody管),准确说是4份,因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合)...
样本内对照(Input管、IgG管、Anti-target管) 在做ChIP-qPCR实验中,同一个样本需要分成3份(Input管,IgG管,Anti-target antibody管),准确说是4份,因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用...
ChIP-qPCR实验一般瞄准的是基因的启动子区域,这一部分相对于基因翻译区,信息要模糊的多,可以通过NCBI上的gene browser来辅助分析,一般可以在转录起始位点(TSS)上游100~1000bp选择,同时需要至少设计两对引物,从中选择效果较好的。以上即是本期的主要内容,从实验原理、一般实验流程和注意事项几个方面来详细介绍...