ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准...
所谓input 是指断裂后的基因组DNA,它需要与沉淀后的样品DNA一起经过逆转交联,DNA纯化,以及最后的PCR或其他方法检测,但是不进行免疫沉淀。任何HA-tagged protein对染色质状态的影响都会在input中呈现出来。 如果是input chip-seq,结果中会不会有我们想要看到的真的位点呢? 是有的,因为它就是整个基因组上被打断的未...
在做ChIP-qPCR实验中，同一个样本需要分成3份（Input管，IgG管，Anti-target antibody管），准确说是4份，因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析...
假设IP组加100，那input就取10即可。CHIP-QPCR详细操作流程
ChIP-qPCR 的计算 计算CHIP-qPCR 富集效率时,一般是以相对Input信号富集比例来呈现的,例如若做了单个2%Input,计算公式如下: 注:CT 值一般是指2-3次重复实验的平均CT值 而CST 一直推荐通过稀释不同比例的Input 来先建立qPCR 的标准曲线,标准曲线一般用来确定qPCR的反应效率。低扩增效率(小于90%)可能由于Taq酶抑制...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析，设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。二、引物设计 2...
二、ChIP-qPCR实验及结果计算: 最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需要测浓度,一般来说,转录因子...
用ABCAM的试剂盒做的ChIP, 超声破碎后取5ul作为input, 取100ul上到每个抗体。qPCR用了45个循环。
ChIP-qPCR的定量分析需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。对于数据处理,两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法分别是Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。Percent Input法的使用,通常为了关注两组不同样本(例如处理前后、发育前后阶段等)Input%是否有差异,...