在做ChIP-qPCR实验中，同一个样本需要分成3份（Input管，IgG管，Anti-target antibody管），准确说是4份，因为每个样本都需要额外取一点用于DNA片段化情况的质控。Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析...
Input管：每个实验组分出的Input 样品作为组内参照 DNA，要与经过不同 ChIP抗体免疫沉淀后捕获的对应 D...
ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准...
双△CT法也称为2-△△CT法,将PCR的数据转换成CT值(即qPCR反应荧光信号首次到达设定的荧光阈值时所经历的循环数),计算时利用Input做对照(片段化之后直接解交联纯化的DNA,作为材料本身背景)均一化IP产物(△CT),针对阴性抗体富集产物IgG,同样利用Input均一化产物(△CT)。最后计算IP与IgG均一化之后扩增循环数差异(...
所谓input 是指断裂后的基因组DNA,它需要与沉淀后的样品DNA一起经过逆转交联,DNA纯化,以及最后的PCR或其他方法检测,但是不进行免疫沉淀。任何HA-tagged protein对染色质状态的影响都会在input中呈现出来。 如果是input chip-seq,结果中会不会有我们想要看到的真的位点呢?
ChIP-qPCR实验一般瞄准的是基因的启动子区域，这一部分相对于基因翻译区，信息要模糊的多，可以通过NCBI上的gene browser来辅助分析，一般可以在转录起始位点（TSS）上游100~1000bp选择，同时需要至少设计两对引物，从中选择效果较好的。以上即是本期的主要内容，从实验原理、一般实验流程和注意事项几个方面来详细介绍...
二、ChIP-qPCR实验及结果计算: 最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需要测浓度,一般来说,转录因子...
ChIP-qPCR 的计算 计算CHIP-qPCR 富集效率时,一般是以相对Input信号富集比例来呈现的,例如若做了单个2%Input,计算公式如下: 注:CT 值一般是指2-3次重复实验的平均CT值 而CST 一直推荐通过稀释不同比例的Input 来先建立qPCR 的标准曲线,标准曲线一般用来确定qPCR的反应效率。低扩增效率(小于90%)可能由于Taq酶抑制...
Q6ChIP-Seq如何设置对照?各对照目的是什么? 1)input:样本经过超声,但是没有进行ChIP,包含样本超声后总DNA,可以进行电泳,检测超声效果,同时,可以与最后ChIP样本进行比较,看ChIP的效率(如果用同一引物进行PCR,ChIP组和input组亮度差不多,说明ChIP效率高,基本上,样本中所有的目的基因片段都被ChIP下来了,反之,说明效率...
[EMSA/Ch ] ChIP-qPCR引物设计 20 (3/3593) Lucasssssss 2019-02-26 2020-05-24 21:09:19 by 猪妹妹May [EMSA/Ch ] 求虫友们推荐靠谱的酵母单杂公司 10 (3/590) Yxijaier 2017-12-27 2020-05-19 20:39:52 by hsk129 [EMSA/Ch ] 求大神告知pulldown和酵母单杂有何区别 (2/1131) 樊虫...