4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。 二、引物设计 2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。
首先，从 ChIP缓冲液稀释后的目的蛋白管中取 2% 体积的染色质作为input 管样本，不进行免疫沉淀反应，...
两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准误差一起显示。 Percent Input法 使用这种方法,从ChIP获得的信号除以从input样本中获得的信号。input样本代表...
最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需要测浓度,一般来说,转录因子的浓度会稍微低一些,一般input会...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。 二、引物设计 2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。
实验流程包括：首先，进行ChIP富集实验，包括甲醛交联、染色质提取、抗体富集和纯化；然后，设计引物，保证产物长度适中，如150bp，引物应具有高特异性；引物设计可参考seq结果、可视化软件、数据库或转录因子结合位点。在设计好引物后，进行qPCR实验。实验中需对Input、IP和IgG分别进行，使用2-△△CT法进行...
一般情况下,一次严格的ChIP 实验会设置阳性对照组、阴性对照组、目的蛋白组及input对照。我们通常看到普通PCR 的结果是图1这样的,这里研究了PPARγ与LPL (脂蛋白脂肪酶,lipoprotein lipase) 启动子区的结合情况。与染色质稳定结合的RNA poll-II 作为阳性对照,而ICAM-1是一个唯一定位于胞膜的蛋白,可以作为阴性对照。
ChIP-qPCR两种主流的计算方法包括Percent Input法和Fold Enrichment法。Percent Input法需要引入CUT&Tag实验流程并不需要的Input,因此不适用于CUT&Tag-qPCR的实验结果计算。Fold Enrichiment法引入了IgG,IgG理论上是不能特异性富集任何DNA片段,因此IgG可以作为阴性对照参与计算富集倍率,这不仅能够用于对照组和处理组相对...
ChIP-Seq (InPut组 vs 目的IP组) 11500 ChIP-qPCR(InPut组vs对照抗体组vs目的抗体组)7000 广州基云重点推出“互作机制研究系统性解决方案”,包括免疫沉淀试验(IP、RIP、CHIP、CHIRP)和蛋白组芯片检测试验,协助轻松突破互作机制,让科研成果更上一层楼。
Input:在PCR的时候做一个对照,因为ChIP的qPCR结果是不确定的,但是input做qPCR理论上应该很好,如果不好说明哪里有问题 阳性对照:用确定的能有结果的基因(比如质粒) 您也可以把input当成阳性 阴性对照:用水(上面ChIP的阴性IgG得到的水也可) 内参:控制样本间的上样量是一致的,一般用管家基因(如上面的GAPDH) 每个实...