在有peak富集的区域选择DNA序列用来设计阳性对照的引物。对于你感兴趣的结合位点,可以先定位到基因,再根据ChIP-Seq的数据选择有peak富集的区域。 获得DNA序列了,就可以进一步利用Primer 3等软件进行qPCR引物的设计,用Blast检验引物特异性。 对于阴性对照的引物,可按照同样的方法,选择没有Peak富集的区域进行设计。 引物...
②阳性对照:设计阳性对照引物,选择已知有peak富集的区域进行设计,用于验证实验的可靠性。 ③预实验:在使用珍贵的CHIP样品前,可以先用genomic DNA进行qPCR预实验,检验引物的效率和特异性。 5. 实施CHIP实验 最后,使用验证过的引物进行CHIP实验。将样本分为input组、抗体组和IgG组,进行CHIP操作,并提取D...
1、交联 2、细胞裂解 3、染色质制备（剪切/消化）4、免疫沉淀（最关键一步）5、解交联和DNA纯化 6...
按住shift+鼠标拖动,将这个peak选中标红: 那么,接着我们可以看到:这个方框的长度是6万多,所以我们就要继续放大这个序列,因为我们下一步要找这一段peak的dna序列了,用于引物设计: 二、ChIP-qPCR引物设计: 接上,放大之后华友6000多长,而且peak看的更清楚...
因此,我们准备做ChIPqPCR验证该结合。先将该区域放大可视化150-200bp左右: 随后选中上面哪个红色的,左右各点击一下示意选中该区域,并右键复制序列: 打开snapgene(点击下载免费的安装包),将该序列保存起来(此时注意,上面我们可以看到WNT4是从右到左的,我们复制的时候序列也是...
🎯 在CHIP-qPCR实验后,精准的引物设计分析至关重要。下面为你提供详细步骤:1️⃣ 引物设计基石 📚 若实验前有参考文献提供的引物序列,应优先考虑这些经过验证的引物。 🔍 若缺乏文献资料,可利用已发表的ChIP-Seq数据来指导引物设计。挑选通过质控的ChIP-Seq数据,并在UCSC等平台上查找峰值区域。
步骤一：使用参考文献提供的序列。若已有相关文献，可以直接引用文献中的 ChIP-qPCR 引物序列，这通常已通过验证。步骤二：查阅 ChIP-Seq 数据。Shirley Liu Lab 推出的 Cistrome Data Browser 收集了大量 ChIP-Seq 数据，通过筛选高质量数据，可以为设计引物提供可靠的依据。选择目标物种、细胞或组织类型、...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
3️⃣ ChIP-qPCR片段200-700bp,ChIP-seq片段300bp左右最佳。📌 ChIP后检测技巧: 1️⃣ 每启动子至少设计3对引物,确保准确性。 2️⃣ IP组vs IgG组,显著富集意味着蛋白结合启动子。 3️⃣ qPCR计算方法: - △Ct [normalized ChIP] = (Ct ...
实验流程包括：首先，进行ChIP富集实验，包括甲醛交联、染色质提取、抗体富集和纯化；然后，设计引物，保证产物长度适中，如150bp，引物应具有高特异性；引物设计可参考seq结果、可视化软件、数据库或转录因子结合位点。在设计好引物后，进行qPCR实验。实验中需对Input、IP和IgG分别进行，使用2-△△CT法进行...