📚 若实验前有参考文献提供的引物序列,应优先考虑这些经过验证的引物。 🔍 若缺乏文献资料,可利用已发表的ChIP-Seq数据来指导引物设计。挑选通过质控的ChIP-Seq数据,并在UCSC等平台上查找峰值区域。 💡 对于新研究对象,可利用Cistrome Data Browser等数据库寻找相关ChIP数据。2️⃣ 引物设计要点 📏 引物长度...
按住shift+鼠标拖动,将这个peak选中标红: 那么,接着我们可以看到:这个方框的长度是6万多,所以我们就要继续放大这个序列,因为我们下一步要找这一段peak的dna序列了,用于引物设计: 二、ChIP-qPCR引物设计: 接上,放大之后华友6000多长,而且peak看的更清楚...
因此,我们准备做ChIPqPCR验证该结合。先将该区域放大可视化150-200bp左右: 随后选中上面哪个红色的,左右各点击一下示意选中该区域,并右键复制序列: 打开snapgene(点击下载免费的安装包),将该序列保存起来(此时注意,上面我们可以看到WNT4是从右到左的,我们复制的时候序列也是...
获得DNA序列了,就可以进一步利用Primer 3等软件进行qPCR引物的设计,用Blast检验引物特异性。 对于阴性对照的引物,可按照同样的方法,选择没有Peak富集的区域进行设计。 引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析，设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。二、引物设计 2...
步骤一：使用参考文献提供的序列。若已有相关文献，可以直接引用文献中的 ChIP-qPCR 引物序列，这通常已通过验证。步骤二：查阅 ChIP-Seq 数据。Shirley Liu Lab 推出的 Cistrome Data Browser 收集了大量 ChIP-Seq 数据，通过筛选高质量数据，可以为设计引物提供可靠的依据。选择目标物种、细胞或组织类型、...
ChIP-qPCR和普通逆转录-qPCR的引物设计有很大不同。 普通逆转录 qPCR引物设计里一个很重要的原则是引物序列要跨内含子,目的就是把cDNA模板和genomic DNA模板区分开来,避免引物结合到残留的genomic DNA模板上,导致假阳性非特异性扩增信号。 而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位...
②阳性对照:设计阳性对照引物,选择已知有peak富集的区域进行设计,用于验证实验的可靠性。 ③预实验:在使用珍贵的CHIP样品前,可以先用genomic DNA进行qPCR预实验,检验引物的效率和特异性。 5. 实施CHIP实验 最后,使用验证过的引物进行CHIP实验。将样本分为input组、抗体组和IgG组,进行CHIP操作,并提取...
阳性对照引物 目的蛋白确定结合区域设计引物 初步判断目的片段是否成功 富集 阴性对照引物 目的蛋白确定不结合区域设计引物 排除IP富集的背景DNA Input 超声处理之后未经过IP的染色质样本 qPCR及NGS分析时作为参照 如果是新手,我们建议做一个阳性抗体对照ChIP,比如RNA pol II的ChIP(用于对照转录因 子)或H3K4me3 的ChIP(...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。