将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
ChIP-seq测序标准化分析流程软件是由杭州广科安德生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1187306,属于分类,想要查询更多关于ChIP-seq测序标准化分析流程软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
基于前沿的Lab-on-chip技术,LabChip XT利用多通道的一次性芯片,能在30分钟内自动完成多达4个样品的电泳-目标片段分离-回收,液相产物可直接用于下游步骤。 新一代测序的速度是越来越快了,费用也在不断降低,但整个流程中还有不少瓶颈,限制了它的通量。最耗时的任务之一就是在文库制备过程中对打断的基因组DNA进行基...
通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,然后对这些DNA片段进行进行高通量测序,最后定位基因组信息,从而获得全基因组范围内组蛋白DNA及染色质修饰等DNA区段信息。 测序流程 通过甲醛使靶蛋白与染色质上目标区域的DNA交联结合,分离染色体,并用超声或酶处理将其打断成小片段(一般200-600bp)。
进行常见的高通量测序分析的工作流和工具的集合,以及相关的基础结构。 请参阅文档。 参考工作流程 DAG参考资料工作流程: RNA-seq工作流程 DAG用于RNA-seq工作流程: ChIP-seq工作流程 DAG for ChIP-seq工作流程: 所需:1积分电信网络下载 爆速测试讨论参考文献.zip ...
三、染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)信息分析流程 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;...
图1:ChIP-seq技术流程示意图 三、染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)信息分析流程 图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就...