cgMLST,全称为全基因组多位点序列分型(CompleteGenome Multilocus SequenceTyping),是多位点序列分型(MLST)的一个拓展方法,与MLST只选择数个保守基因不同,cgMLST以大量菌株为基础的核心基因组作为序列分型标记.cgMLST技术以现有MLST数据为基础,在构建核心基因组和分型的过程中,一方面确保已有MLST管家基因存在于核心基因集...
cgM1ST用于中国结核分枝杆菌基因型分型的效果评估2024 01背景 建立覆盖一个地区,甚至全国的结核病传播监测系统有助于监测结核病的传播动态,实现结核病的精准防控。全基因组测序(WGS)已经成为监测传播的主要工具,虽然具有极高的分辨率,但在大规模监测数据分析上存在以下缺陷:一是分析速度慢;二是没有统一的分析流程;三...
wgMLST、cgMLSt、MLST技术服务,MLST 是基于细菌核苷酸序列比对的一种分子分型方法,其原理是通过比较细菌个体7个或者更多管家基因的核苷酸序列的多态性,确定其基因多态性,同事通过划分序列群和构建最小生成树来揭示细菌群体遗传结构,上海西迈科技有限公司
核心基因组多位点序列分型(cgMLST)是一种高效、易标准化且节省存储空间的基因型分型方法,具备监测大规模结核病传播的潜力。本网站采用Kohl T.A.等人[1]设计的MTBC cgMLST方案进行基因分型。该方案使用2891个核心基因确定每个菌株的cgMLST基因型,并通过在线cgMLST等位基因命名法实现菌株分型的标准化。操作...
cgmlstdistance-matrixwgmlst UpdatedSep 26, 2023 C phac-nml/sistr_cmd Star26 Code Issues Pull requests SISTR (Salmonella In Silico Typing Resource) command-line tool bioinformaticsserotypingsalmonellacgmlstsistr UpdatedDec 5, 2024 Python jordanlab/STing ...
本套课程深入解读了微生物分子分型技术的类型和方法,以及MLST分型、cgMLST分型的区别与联系。课程系统阐述了cgMLST分型的理论背景、实操方法、数据的前处理、多情形的分型实操、结果的进一步绘图加工、典型文献案例和典型物种案例剖析与结果重现等,全方位、系统化地教授了cgMLST分子分型的分析流程和应用方向。通过本套课...
核心基因组多位点分型系统(cgMLST)是微生物领域常用的分型系统,具有分辨率高、操作简单、运行效率高、标准化等优点。既往的cgMLST建立策略存在纳入核心基因数量不多、核心基因准确率低等问题。针对这些问题,课题组使用了泛基因组分析软件Panaroo,并应用了3个不同的基因组集:初始基因组集用于构建初始核心基因组,验证基...
核心基因组多位点序列分型(cgMLST)软件 英文名称: 总访问: 984 国产/进口: 进口 半年访问: 49 产地/品牌: Ridom 产品类别: 生物信息软件 型号: SeqSphere 最后更新: 2023-2-2 货号: 参考报价: 立即询价 电话咨询 [发表评论] [本类其他产品] [本类其他供应商] [收藏] 分享:微信新浪微博销售商: ...
病原微生物CGMLST菌株鉴定分析组件软件是由北京中微数创科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1663013,属于分类,想要查询更多关于病原微生物CGMLST菌株鉴定分析组件软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
(coregenomemultilocussequencetyping,cgMLST)靶基因,建立基于中国本土菌株的cgMLST分型方案,从而达到将cgMLST分型方案作为LP的全基因组序列分型的标准化方法的目的;把基于核心基因的分型方案与传统分型方法进行比较,明确cgMLST分型方案的优势;进一步探究基于cgMLST的型别群与致病性的关系,实现对致病菌的风险评估,有效区分...