cgM1ST用于中国结核分枝杆菌基因型分型的效果评估2024 01背景 建立覆盖一个地区,甚至全国的结核病传播监测系统有助于监测结核病的传播动态,实现结核病的精准防控。全基因组测序(WGS)已经成为监测传播的主要工具,虽然具有极高的分辨率,但在大规模监测数据分析上存在以下缺陷:一是分析速度慢;二是没有统一的分析流程;三...
核心基因组多位点序列分型(cgMLST)是一种高效、易标准化且节省存储空间的基因型分型方法,具备监测大规模结核病传播的潜力。本网站采用Kohl T.A.等人[1]设计的MTBC cgMLST方案进行基因分型。该方案使用2891个核心基因确定每个菌株的cgMLST基因型,并通过在线cgMLST等位基因命名法实现菌株分型的标准化。操作...
课程系统阐述了cgMLST分型的理论背景、实操方法、数据的前处理、多情形的分型实操、结果的进一步绘图加工、典型文献案例和典型物种案例剖析与结果重现等,全方位、系统化地教授了cgMLST分子分型的分析流程和应用方向。通过本套课程的学习,可以全面掌握cgMLST上下游数据整合处理方法,有助于提升微生物进化研究的深度和系统性。
核心基因组多位点序列分型(cgMLST)软件 英文名称: 总访问: 984 国产/进口: 进口 半年访问: 49 产地/品牌: Ridom 产品类别: 生物信息软件 型号: SeqSphere 最后更新: 2023-2-2 货号: 参考报价: 立即询价 电话咨询 [发表评论] [本类其他产品] [本类其他供应商] [收藏] 分享:微信新浪微博销售商: ...
细菌核心基因组多位点序列分型 (cgMLST)与溯源评价朱丽萍 1,2 ,张文成 1 ,颜世敢 1,2* ,陈蕾蕾 2 ,崔生辉 3(1. 齐鲁工业大学生物工程学院/山东省微生物工程重点实验室,山东 济南 250353;2. 山东省农业科学院农产品研究所,山东 济南 250100;3. 中国食品药品检定研究院,北京 100050)摘要: 细菌分型与溯源对...
细菌分型与溯源对食品安全监管,流行病学调查具有重要意义.全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST),核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST),全基因组单核苷酸多态性(whole ge-nome single nucleotide polymorphism,wgSNP)等为代表,...
摘要: 细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义.全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)、全基因... 查看全部>> ...
得到cgmlst的有效cgmlst靶基因即核心基因,得到nakanomlst分型方法对本发明中方法判断的有效性,进而实现对变异链球菌cgmlst的分辨率的评估,验证cgmlst能对变异链球菌有效分型,解决了mlst分型对亲缘关系近的变异链球菌分离株的分型效果较差的问题,应用于变异链球菌的传播分析,能够更有效、更可靠的鉴别变异链球菌菌株,对龋病的...
而核心基因组多位点序列分型(cgMLST)作为一种分析速度快、结果易标准化且占用存储空间小的基因型分型方法,具备监测大规模结核病传播的潜力,在欧洲地区已证明了该方法的可行性,而在北京型(lineage2)菌株流行为主的地区,其分型效果仍有待评估。本研...
而核心基因组多位点序列分型(cgMLST)作为一种分析速度快、结果易标准化且占用存储空间小的基因型分型方法,具备监测大规模结核病传播的潜力,在欧洲地区已证明了该方法的可行性,而在北京型(lineage2)菌株流行为主的地区,其分型效果仍有待评估。本研究评估了cgMLST用于我国不同地区结核分枝杆菌基因型分型的效果。