“生信果”,生信入门、R语言、生信图解读与绘制、软件操作、代码复现、生信硬核知识技能、服务器、生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化等原创内容,一起见证小白和大佬的成长。
Function of Cellranger Cellranger包主要功能是将公司测序并经过初步处理产生的fastq数据转化成为可读入R语言Seurat包的outs文件夹,主要是filtered_feature_bc_matrix文件夹,里面具体包括barcodes.tsv.gz;features.tsv.gz以及matrix.mtx.gz三个文件。 二、开发者信息 Developer information CellRanger 是由10x Genomics开发...
首先你需要有单细胞转录组数据,其次你需要有强大的服务器。如果是普通的R语言教程,当然是可以提供测试数据,但是我们的这个单细胞转录组数据,实在是太大了,如果一定要分享,只能说是跟服务器搭配分享,如下所示: paper-rawData-30g/SRR7722937_S1_L001_I1_001.fastq.gz paper-rawData-30g/SRR7722937_S1_L001_R1...
10X scRNA免疫治疗学习笔记-2-配置Seurat的R语言环境 10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-Seurat标准流程 10X scRNA免疫治疗学习笔记-4-细胞亚群的生物学命名 10X scRNA免疫治疗学习笔记-5-差异分析及可视化 10X scRNA免疫治疗学习笔记-6-marker基因的表达量可视化 10X scRNA免疫治疗学习笔记-7-条条道路通罗马—单细胞分群分...
这些分析后续会进行系统的介绍。 参考资料:Single Cell Immune Profiling - Official 10x Genomics Support ◆◆◆ 精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化(R统计,ggplot2绘图,生信图形可视化汇总)
单细胞⼯具箱CellRanger-V6.0开启单细胞之旅（上）Cell Ranger是⼀个10X genomics公司的单细胞分析软件，将原始的fastq⽂件⽣成后续分析的 feature-barcode表达矩阵。其中包括很多模块，本次主要介绍cellranger mkfastq、cellranger count，cellranger aggr 和 cellranger reanalyze四个功能模块。⼀ Cell R a...
首先你需要有单细胞转录组数据,其次你需要有强大的服务器。如果是普通的R语言教程,当然是可以提供测试数据,但是我们的这个单细胞转录组数据,实在是太大了,如果一定要分享,只能说是跟服务器搭配分享,如下所示: 代码语言:javascript 复制 paper-rawData-30g/SRR7722937_S1_L001_I1_001.fastq.gz ...
常见的单细胞轨迹研究方法包括拟时序分析及RNA 速率分析(RNA velocity)等。 最近用monocle2做伪时序分析发现一个问题就是Monocle2会默认分化轨迹的起点,但这个起点不一定符合生物学意义,所以需要基于样本自身的生物学背景,需要挑选已知或潜在存在分化关系的细胞类型来明确正确的细胞分化起点和终点,而monocle3改进了这一点...
1.官网查看版本,因为7.2.0兼容低通量的数据,所以决定安装7.2.0 2.按照个人习惯,网上搜安装帖子,出现两个问题 1)wget 下载报错,可能是因为链接权限的问题 2) 重新找的链接,可以成功下载,但是解压时候 gzip: stdin: not in gzip format tar: Child returned status 1 ...
代码语言:javascript 复制 library(Seurat)sce=CreateSeuratObject(counts=Read10X('input/'),project='merge')# 步骤 ScaleData 的耗时取决于电脑系统配置(保守估计大于一分钟) sce<-ScaleData(object=sce,vars.to.regress=c('nCount_RNA'),model.use='linear',use.umi=FALSE)sce<-FindVariableFeatures(object=...