3.Tang F , Barbacioru C , Wang Y , et al. mRNA-Seq whole-transcriptome analysis of a single cell.[J]. Nature Methods, 2009, 6(5):377-382. 4.Islam S , Kjallquist U , Moliner A , et al. Characterization of the single-cell transcriptional landscape by highly multiplex RNA-seq[J...
现在,在最近发表在《细胞》(Cell)杂志上的一项新研究中,魏茨曼科学研究所(Weizmann Institute of Science)Ido Amit教授实验室的研究人员首次设法开发出一种方法,可以跟踪和测量体内单个细胞随时间的变化。这种方法被称为Zman-seq(来自希伯来语Zman,意思是“时间”),它包括用不同的时间戳标记细胞,并在健康或病理组织...
来源: Cell DBiT-seq解析小鼠胚胎发育 随后,为验证该技术性能,研究人员利用DBiT-seq分析了整个小鼠胚胎,并鉴定了早期器官发生的所有主要组织类型。结果显示,高分辨率的DBiT-seq可以很容易地分辨小鼠胚胎发育的精细特征,如大脑微脉管系统和排列在视神经泡周围的单层色素上皮细胞。 图4. 小鼠胚胎的空间多组学解析。来...
结果利用单细胞核 RNA-seq 对小鼠 V1 的发育进行转录谱分析为了研究 V1 中细胞的转录组多样性和成熟情况,研究者使用基于液滴的单细胞核(sn)RNA-seq 对正常饲养的小鼠出生后发育过程中的这一区域进行了剖析(图 1A)。研究者收集了六个出生后时间点的样本:P8、P14、P17、P21、P28 和 P38(图 1B)。其中三个...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
在这个工作就是他们通过single cell ATAC-seq来研究小鼠多种组织单细胞水平的染色质状态和基因调控的研究做出的一个尝试。 在技术上,作者采用index组合的方法,进一步提高单细胞 ATAC-seq的通量。通过该方法,作者描绘了13个小鼠组织中大约100,000个单细胞的开放染色质图谱,并且成功区分了诸多组织中的大部分细胞类群,也...
SHARE-Seq定义的细胞类型在染色质与RNA之间广泛一致性 SHARE-seq在包括小鼠皮肤,大脑和肺在内的多种组织的细胞或细胞核中表现良好(图2A–2C)。皮肤富含多种谱系的细胞类型-一些具有高度增殖性,而另一些则处于休眠或缓慢循环-大量的干细胞会产生明确的...
所以single cell RNA-seq的技术也应运而生,这种技术首先由M Azim Surani及汤富酬创建于2009年,发表于NATURE METHOD:Tang, Fuchou, Catalin Barbacioru, Yangzhou Wang, Ellen Nordman, Clarence Lee, Nanlan Xu, Xiaohui Wang, et al. 2009. “mRNA-Seq Whole-Transcriptome Analysis of a Single Cell.” Nat...
2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC[1]算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。
近日,《细胞》(Cell)杂志发布了2024年度的最佳论文(Best of 2024)特辑,精选了过去一年Cell发表的论文中,最有影响力并引起广泛关注的12篇生物学研究。其中,基于时空组学技术Stereo-seq等工具发表的“首个完整人类数字3D原肠胚模型”成功入选。 再度获评Cell年度论文 2024年恰逢Cell创刊50周年。值得一提的是,早前,...