原理讲到这里,大家还记得在2006年发表的那个原理,使用到了T7启动子,下面介绍的原理就和他有关,这里我们直接介绍该方法的进阶版,2016年的CEL-seq2。 CEL-seq2使用体外逆转录的扩增方法,同时引入了UMI (unique molecular identifiers),使用UMI计数RNA的Transcripts数在2012年发表于Nature Method,UMI也被后来的几乎所有...
scCOOL-seq这一新技术是可以实现这一点的单细胞染色质测序方法。此外,scCOOL-seq可以同时检测同一个体细胞中染色质状态、核小体定位、内源DNA甲基化、CNV倍性,这将大大增强单个细胞内不同遗传和表观遗传层之间的复杂关系的分析能力,为今后人们继续研究哺乳动物早期胚胎细胞全能性和多能性的开启奠定了基础,同时为...
另外,这项研究的一个创新之处在于结合了两种高通量单细胞技术:基于微流体的单核测序 (snDrop-seq) 和单细胞转座子超敏感位点测序 (scTHS-seq)的方法。snDrop-seq,不仅可以对成千上万个单细胞同时进行转录组分析,从多方面对细胞类型和细胞状态进行分类,还可用于评估新鲜和冻存人体组织中的特异性表达谱,有助于...
作者采用了一种label-transfer的方法,整合RNA-seq和ATAC-seq数据对细胞进行聚类,并将每个single cell ATAC-seq中的细胞周围的single cell RNA-seq细胞的最常见的label赋予该细胞。值得一提的是在分析中用到的single cell RNA-seq数据之一就是郭国骥实验室今年在Cell发表的小鼠组织single cell RNA-seq的数据。这种labe...
DBiT-seq解析小鼠胚胎发育 随后,为验证该技术性能,研究人员利用DBiT-seq分析了整个小鼠胚胎,并鉴定了早期器官发生的所有主要组织类型。结果显示,高分辨率的DBiT-seq可以很容易地分辨小鼠胚胎发育的精细特征,如大脑微脉管系统和排列在视神经泡周围的单层色素上皮细胞。
1、单细胞测序发展历程 从下图单细胞的发展历程来看，在上个世纪人们就开始探究单细胞的研究了。那么...
Cell: snRNA-seq结合遗传学和体内功能成像揭示发育中皮层细胞类型和功能的视觉依赖性规范 哺乳动物大脑皮层神经回路的建立有赖于出生后发育中的动物与其环境的相互作用。大脑皮层回路由不同类型的细胞组成,并通过复杂的突触网络相互连接。这种回路的形成依赖于由细胞识别分子和不依赖于感觉的神经活动介导的基因硬连接机制...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
SHARE-Seq定义的细胞类型在染色质与RNA之间广泛一致性 SHARE-seq在包括小鼠皮肤,大脑和肺在内的多种组织的细胞或细胞核中表现良好(图2A–2C)。皮肤富含多种谱系的细胞类型-一些具有高度增殖性,而另一些则处于休眠或缓慢循环-大量的干细胞会产生明确的...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...