Cell BLAST 简介 使用Cell BLAST 进行单细胞注释 1. 使用 Cell BLAST 在线检索平台 进行 scRNA-seq 数据的查询与注释 2. 使用 Cell_BLAST Python Package 用于训练模型并在本地执行 scRNA-seq 数据的查询与注释 2.1. ACA Reference Panels 介绍 2.2. Cell BLAST 流程简介 2.3. Cell BLAST 分析脚本的完整代码 ...
通过如下命令安装CellBLAST:pip install Cell-BLAST. 检查CellBLAST是否可以在python解释器中导入:import Cell_BLAST as cb 二、使用方法 这里提供一个简明教程示例如何使用DIRECTi和Cell_BLAST. 1.DIRECTi使用方法 >>> import logging >>> import numpy as np >>> import pandas as pd >>> import tensorflow a...
Cell BLAST 使用基于神经网络模型,使用参考单细胞转录组数据,以无监督的方式学习从高维转录组空间到低维空间的非线性映射,并通过以下方式校正参考批次效应。当呈现查询数据时,Cell BLAST 使用预训练模型将参考数据和超讯数据细胞映射到同一低维空间中,并在低维空间中利用后验分布来估计细胞相似性,然后将具有高相似性的...
在线访问地址:https://cblast.gao-lab.org/ 类比BLAST,Cell BLAST使用对抗自编码器进行数据降维,利用对抗学习策略来消除数据集间的批次效应,可以在参考数据集中检索与用户提供的细胞数据最相似的细胞,并借助这些相似细胞在数据库中的注释信息,对提交的细胞的注释信息进行推断。 除了用于细胞类型鉴定,Cell BLAST也能发现...
BLAST两种菌的基因组与质粒序列。染色体高度同源(图2A)，重点关注非同源部分，观察到与碳代谢有关的基因存在差异(图2B)。图3 S.Tm-A和S.Tm-B利用碳源的代谢能力不同 3菌株特异性利用不同的碳源使得两种菌可以共存利用半乳糖醇作为碳源是肠杆菌科菌株特异性特征。使用半乳糖基因缺失的突变体S.Tm-A（S.Tm-A ...
为了研究ESC的体外分化能力,科学家们陆续开发出了胚状体(blastoid)、类器官(organoid)、组装体(assembloid)和类原肠胚(gastruloid)等模型,也尝试通过将不同类型的ESC和胚外干细胞(extra-embryonic stem cell)聚集形成类胚体(embryoid...
结合这些数据并使用严格的相互作用评分方法,研究人员构建了一个高置信度的T. pseudonana蛋白核相互作用网络,该网络由11个诱饵构成,包含46个额外的蛋白节点,并通过57条相互作用边相连。 图4 T. pseudonana有六个Shell同源蛋白 对Shell1和Shell4的BLA...
单细胞数据整合分析已经是普遍的分析内容,目前,对于样品之间的生物差异何时可以从批效应中分离出来,还没有指导方针。批次效应在单细胞研究中普遍存在,在任何分析pipeline中,整合样品中的细胞以消除批次效应是关键步骤。 在单细胞数据整合过程中,样品之间有意义的生物学差异往往被不必要地删除。
双语使用场景 Clips like this ensure that you will never look at your cell phone in quite the same way ever again. It might blast a whole in your pants.───真像这段视频演绎的话,你就肯定不希望自己的手机会像那个样子了。说不定把你整条裤子都给爆炸掉了。