之前的研究表明,CD8+ T细胞在RA的进展中处于领先地位。本研究通过多个RA数据集、CIBERSORT和WGCNA算法识别RA中与CD8+T细胞密切相关的基因。进行了进一步的机器学习分析,以确定与RA最密切相关的CD8+T细胞相关基因。此外,本研究还探讨了这三个关键基因与33种癌症之间的关系,从而确定了10个基因与RA中的CD8+T
其次,作者利用CIBERSORT算法和相关性分析筛选CD8+ T细胞相关基因。 并采用一致聚类分析鉴定CD8+ T细胞相关分子簇并构建预后模型,再加上验证队列以及一系列免疫和功能分析等等,一套操作下来,让人感叹思路亮眼,逻辑清晰。 最后,通过湿实验进行表达与功能的验证,6分+简直手到擒来! 题目:一种新的CD8+ T细胞相关基因标记...
一、基于WGCNA的CD8 T细胞相关基因的共表达分析 1、根据179个免疫细胞数据集的表达谱，对样本进行层次聚类分析，共获得了14个模块。其中，粉红色模块与CD8 T细胞之间的正相关性最强，与其他免疫细胞之间的相关性较低，粉红色模块中包含446个基因。（图1a-d）2、对CD8 T细胞相关基因进行KEGG和GO分析显示，BP中的注释...
首先,作者通过流式细胞术分析类风湿关节炎患者(RA)和健康人(HC)血液中单核细胞(PBMC)的CD8+T细胞的占比,发现ACPA+ RA血液中CD8+T细胞的百分比增加,并且与血清ACPA标志物抗环瓜氨酸肽(CCP)的抗体水平呈现正相关(图1 A-B),证明在RA疾...
此外,与HIV-2自然控制者的HIV特异性CD8 T细胞的转录谱相比,来自长期接受ART治疗的个体的晚期阶段CD8 T细胞与自然控制者的CD8 T细胞聚类相近,并显示出类似的与干细胞特性和自我更新相关的基因过表达模式,如GZMK和TCF7(图1)。 作者在转录组分析之后进行...
of Biomarkers Associated With CD8+ T Cells in Coronary Artery Disease and Their Pan-Cancer Analysis",作者首先利用GEO的冠状动脉疾病的mRNA表达数据,利用WGCNA来鉴定hub基因,并且利用和CD8+T细胞的浸润水平的相关性来验证hub基因,进一步下载泛癌数据来探讨hub基因在不同癌症中和CD8+T细胞浸润程度的相关性。分析...
机制方面,TRIM28 缺失显著影响活化 CD8+ T 细胞的染色质三维结构重组。CTCF 和 TRIM28 在 CD8+ T 细胞活化相关的基因存在共定位。接着研究发现,CTCF 招募 TRIM28 后通过 TRIM28 结合 Cohesin 促进染色质环的形成,从而调控 T 细胞活化相关的基因表达。
因此，研究人员进一步探究BLIMP1在肿瘤特异性CD8+ T细胞中的作用。ChIP-seq结果显示，BCL6和BLIMP1具有不同的DNA结合谱。RNA-seq数据显示，Bcl6和Prdm1的过表达诱导产生负相关的CD8+ T细胞转录组特征。同时，分析结果显示，BLIMP1直接转录抑制一系列Tprog特征基因的表达，并直接转录诱导一系列Tterm特征基因的表达。另外...
以淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)感染的小鼠为例，通常，LCMV感染会诱导WT小鼠产生强的CD8+ T细胞应答，并在10天内清除病毒。而在有穿孔素基因缺陷的小鼠体内，由于活化T细胞的细胞毒性功能受损，LCMV感染失去控制，病毒持续存在于所有器官中。这导致被感染细胞和激活的APCs长时间和过度的抗原呈递。因此，淋巴细胞被...
如果你使用上面的基因列表,你会发现主要的naive状态的是CD4的T细胞,其它主要是CD8的T细胞。 然后是: naive T cell, such as CCR7, LTB, and SELL memory CD4+ T cells (TEM) CXCR4, TNFRSF4, and CCR6, RORA, IL6ST, and IL17RA, suggesting a TH17 cell identity ...