如图7A所示,低危组的T细胞CD4记忆活化、T细胞CD8、T细胞滤泡辅助、单核细胞、NK细胞静息和巨噬细胞M1浸润水平明显高于高危组,而低危组的肥大细胞静息浸润水平明显低于高危组。 用于构建CD8+ T细胞相关预后模型的四个基因在高危组和低危组中表达模式不同,且与多种免疫细胞炎症密切相关(图7B-C)。然后,本研究探讨了免...
本文是使用WGCNA方法得到CD8+T细胞相关的基因集进行分型。如果小编做的话,会通过单细胞数据分析筛选CD8+T细胞特征的基因进行后续的分型,无论新颖性和可靠性都更强。小编之前做的CAF细胞相关泛癌分析和分型,本月已经顺利发表到8+期刊上。如果对这类思路感兴趣,可联系小编咨询。 8+纯生信,不到两个月接收!肿瘤分...
其中,粉红色模块与CD8 T细胞之间的正相关性最强,与其他免疫细胞之间的相关性较低,粉红色模块中包含446个基因。(图1a-d) 2、对CD8 T细胞相关基因进行KEGG和GO分析显示,BP中的注释有明显的差异,33条KEGG通路显著富集。以上结果表明,这些基因与免疫功能及相关信号通路密切相关。(图1e-f) 二、基于CD8 T细胞相关基因...
然后进一步进行以下分析:利用GSE34198和GSE66360数据集验证hub基因FBXO7、RAD23A和MKRN1;这些hub基因表达水平与CD8 +T细胞浸润在CAD和多种癌症中呈正相关;使用hub基因预测CAD的潜在有效治疗药物;进行GSVA分析来进一步了解CAD和癌症之间的潜在生物学途径,例如IL6 JAK STAT3信号传导...
在NK细胞功能基因集中,Klrk1的表达在暴露于CT2A-TRP2-β2mKO细胞的OT-1细胞中特别突出(图5b,log(折叠变化)= 1.1,调整的P值= 3.25×10)。NKG2D是一个激活受体,传统上与NK细胞的细胞毒功能相关,尽管它也在活化的CD8 T细胞上表达,其作用主要被描述为共刺激。在小鼠中,NKG2D的配体是β2m非依赖的非经典MHC-I分...
机器学习分析确定了3个与RA最密切相关的CD8+T细胞相关基因：CD8A、GZMA和PRF1。研究结果：一、RA基因表达数据采集和免疫细胞浸润评估 从GEO数据库下载了类风湿性关节炎的微阵列表达数据，并选择了变异系数大于0.1的基因进行后续分析。确定数据集中每个样本中各种免疫细胞亚型的百分比。然后选择每个块的七个T细胞亚型的...
最后，作者通过基于CRISPR的基因修饰手段，靶向修饰非编码调控元件，从而确定了免疫疗法相关微店的增强子调控机制，且确定了编码PD1和TCF1的基因的增强子。综上所述，该工作显示，尽管人类肿瘤浸润淋巴细胞具有表冠遗传多样性，但是在T细胞功能状态方面，是具有共性的，并且可以通过CRISPR活化/干扰（CRISPR activation/ ...
在乳腺肿瘤中尚未明确鉴定出功能障碍前状态的T细胞(Azizi et al., 2018; Savas et al., 2018)。不过,乳腺癌中存在终末分化T细胞,且这类细胞表达有功能障碍标记基因,这表明乳腺癌中的T细胞也可能存在一系列功能障碍状态(Azizi et al...
1) 分析免疫细胞浸润,选择关键免疫细胞(CD8+T细胞)进行分组; 2) 分析组间差异表达基因,选择与免疫细胞显著负相关的关键基因CA9进行分析; 3) 利用单细胞数据分析关键基因的细胞定位,主要定位于肿瘤细胞。 后面就是针对关键基因进行的一些常规分析,证明CA9与预后、免疫检查点等的相关性,还分析了CA9与铁死亡基因、m6A基...
最后,研究者们对HNSCC患者队列数据和癌症基因组图谱计划(TCGA)数据进行再分析,发现肿瘤中存在MHCIIhiCCR7negcDC1和与其相互作用的CD8阳性T细胞,确实与患者无进展生存期(PFS)呈正相关,因此这两类细胞的相互作用是患者预后的正向预测因子,也...