如图7A所示,低危组的T细胞CD4记忆活化、T细胞CD8、T细胞滤泡辅助、单核细胞、NK细胞静息和巨噬细胞M1浸润水平明显高于高危组,而低危组的肥大细胞静息浸润水平明显低于高危组。 用于构建CD8+ T细胞相关预后模型的四个基因在高危组和低危组中表达模式不同,且与多种免疫细胞炎症密切相关(图7B-C)。然后,本研究探讨了免...
一、基于WGCNA的CD8 T细胞相关基因的共表达分析 1、根据179个免疫细胞数据集的表达谱，对样本进行层次聚类分析，共获得了14个模块。其中，粉红色模块与CD8 T细胞之间的正相关性最强，与其他免疫细胞之间的相关性较低，粉红色模块中包含446个基因。（图1a-d）2、对CD8 T细胞相关基因进行KEGG和GO分析显示，BP中的注释...
机制方面,TRIM28 缺失显著影响活化 CD8+ T 细胞的染色质三维结构重组。CTCF 和 TRIM28 在 CD8+ T 细胞活化相关的基因存在共定位。接着研究发现,CTCF 招募 TRIM28 后通过 TRIM28 结合 Cohesin 促进染色质环的形成,从而调控 T 细胞活化相关的基因表达。 这些发现不仅揭示了 TRIM28 在 CD8+ T 细胞活化中的关键...
其中,粉红色模块与CD8 T细胞之间的正相关性最强,与其他免疫细胞之间的相关性较低,粉红色模块中包含446个基因。(图1a-d) 2、对CD8 T细胞相关基因进行KEGG和GO分析显示,BP中的注释有明显的差异,33条KEGG通路显著富集。以上结果表明,这些基因与免疫功能及相关信号通路密切相关。(图1e-f) 二、基于CD8 T细胞相关基因...
1.作者发现,与CD8+ T细胞关系最密切的潜在重要基因具有更强的相关性。选择具有基因意义>0.75的基因作为候选中心基因,得到10个基因(NKG7、CD8A、DHRS9、CCL5、IL2RG、TNS3、PARP12、GZMA、PRF1、CYTH4)(图2B)。 2.BP中免疫应答激活细胞表面受体信号通路、抗原受体介导的信号通路和T细胞激活的基因在蓝色模块中高度...
本文是使用WGCNA方法得到CD8+T细胞相关的基因集进行分型。如果小编做的话,会通过单细胞数据分析筛选CD8+T细胞特征的基因进行后续的分型,无论新颖性和可靠性都更强。小编之前做的CAF细胞相关泛癌分析和分型,本月已经顺利发表到8+期刊上。如果对这类思路感兴趣,可联系小编咨询。 8+纯生信,不到两个月接收!肿瘤分...
同时,TRIM28 缺失损害了 CD8+T 细胞的抗肿瘤和抗感染能力。机制方面,TRIM28 缺失显著影响活化 CD8+T 细胞的染色质三维结构重组。CTCF 和 TRIM28 在 CD8+T 细胞活化相关的基因存在共定位。接着研究发现,CTCF 招募 TRIM28 后通过 TRIM28 结合 Cohesin 促进染色质环的形成,从而调控 T 细胞活化相关的基因表达。
of Biomarkers Associated With CD8+ T Cells in Coronary Artery Disease and Their Pan-Cancer Analysis",作者首先利用GEO的冠状动脉疾病的mRNA表达数据,利用WGCNA来鉴定hub基因,并且利用和CD8+T细胞的浸润水平的相关性来验证hub基因,进一步下载泛癌数据来探讨hub基因在不同癌症中和CD8+T细胞浸润程度的相关性。分析...
靶点发现:TRIM28被确定为CD8+ T细胞活化过程中三维染色质状态的关键调控因子。 机制阐明:揭示了TRIM28通过影响染色质三维结构重组来调控T细胞活化相关基因表达的机制。 功能验证:通过小鼠模型验证了TRIM28缺失对CD8+ T细胞活化和抗肿瘤、抗感染能力的影响。
在NK细胞功能基因集中,Klrk1的表达在暴露于CT2A-TRP2-β2mKO细胞的OT-1细胞中特别突出(图5b,log(折叠变化)= 1.1,调整的P值= 3.25×10)。NKG2D是一个激活受体,传统上与NK细胞的细胞毒功能相关,尽管它也在活化的CD8 T细胞上表达,其作用主要被描述为共刺激。在小鼠中,NKG2D的配体是β2m非依赖的非经典MHC-I分...