1. 编辑 `~/.bashrc`(或 `~/.zshrc`)文件,将 CD-HIT 安装路径添加到 `PATH` 变量。 2. 使用 `source ~/.bashrc` 命令使改动生效。 3. 通过 `which cd-hit` 确认是否能正常访问 `cd-hit` 命令。 要将CD-HIT 的安装路径 /home/zxzhang/0_Tools/cdhit-4.8.1 写入到 Linux 环境变量中,使其...
CD-HIT是一种用于聚类分析的工具,它可以在大规模数据集中找到高度相似性的序列,并将它们组织成一个或多个簇。以下是CD-HIT的一些特点: 速度快:CD-HIT采用一种名为"word counting"的快速算法来比较序列相似性,因此能够快速处理大规模序列。 可扩展性好:CD-HIT支持多线程并行处理,可以运行在分布式计算机集群上,因...
CD-HIT(http://weizhongli-lab.org/cd-hit/)是一个广泛使用的蛋白或核酸序列比较聚类工具,其将所有序列按照参数设定进行聚类,并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出,同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。CD-HIT的基本思路是首先对所有序列按照其长度进行排序,然后从最长的序列开始,形成第...
4. cd-hit可用于比较不同细菌基因组间的相似性情况,通过对两个或多个细菌基因组的序列进行聚类分析,了解它们之间的亲缘关系。 用法详解:将多个细菌基因组序列文件输入,设置适当的相似性阈值(如 -c 0.8)和其他参数,程序会生成聚类结果,通过分析聚类情况推断基因组间的相似程度。 5. 在研究细菌基因组的变异情况时...
CD-Hit是一种用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具,根据序列的相似度进行聚类以去除冗余的序列。它通常用于构建非冗余的数据集,以用于后续的实验分析。 CD-Hit聚类算法是一种贪婪的增量聚类方法。首先,它会根据序列的长短对输入的序列进行排序,并从最长到最短的顺序处理它们。然后,将最长的序列自动分为第一类,并作为...
cd-hit 是一款用于将蛋白、核酸序列快速聚类的工具。由于宏基因组样品中可能包含相似物种,拼接结果中可能会存在一部分冗余序列,导致预测出来的基因包含冗余部分,可以通过聚类进行去冗余。 通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类,需要进行 all by all 的比较,例如 orthoMCL,不过这种方法非常耗时。而 cd...
cd-hit去冗余详解 1. cd-hit软件及其去冗余功能 cd-hit(Cluster Database at High Identity with Tolerance)是一款用于快速聚类和比较生物序列(如DNA、RNA或蛋白质序列)的工具。它主要通过计算序列之间的相似度(通常是百分比一致性)来识别并去除数据集中的冗余序列。这一功能在生物信息学领域尤为重要,尤其是在处理...
CD-hit(http://weizhong-lab.ucsd.edu/cd-hit/)一种序列聚类软件,用于去除冗余序列,安装及使用方法如下: 1. 安装 #软件包下载(https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/): wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/refs/tags/V4.8.1.tar.gz ...
CD-Hit: Representative SequencesWeizhong, LiMy Publications
The CD-HIT definition is: CD-HIT identity = (number of alignment columns containing matching letters) / (length of shorter sequence)This definition has a number of problems in practice. Notably, gaps do not count as differences. In extreme cases, 100% identity can be reported for an ...