CD-HIT基因聚类、去冗余是一种用于蛋白质或核苷酸序列的聚类和比较软件,它可以利用贪婪算法和word过滤方法来快速、准确地找出相似性超过设定阈值的序列,并输出代表性序列和聚类信息。它在宏基因组分析中可以用于减少数据集复杂性、注释和发现微生物群落中的功能基因和蛋白质。 2、原理 CD-HIT是一种常用的聚类软件,广...
CD-Hit是一种用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具,根据序列的相似度进行聚类以去除冗余的序列。它通常用于构建非冗余的数据集,以用于后续的实验分析。 CD-Hit聚类算法是一种贪婪的增量聚类方法。首先,它会根据序列的长短对输入的序列进行排序,并从最长到最短的顺序处理它们。然后,将最长的序列自动分为第一类,并作为...
聚类 CD-HIT对DNA序列聚类的命令是cd-hit-est: /opt/cd-hit/4.8.1/cd-hit-est -i SRR26361709.fasta -T 4 -c 0.97 -n 10 -o SRR26361709-clusters.fasta (1)-i,指定需要聚类的序列文件。 (2)-T,指定使用多少个线程。 (3)-c,指定相似性大于多少的序列会被归到同一个簇。 (4)-n,由于CD-HIT...
是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具,根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列,一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 cd-hit聚类算法 通常来说,根据序列相似度对序列进行聚类,首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类,这样需要进行all by all的比较,相对来说比较费时,而 软...
cd-hit 转录本聚类 可以将Trinity.fasta最长转录本作为unigenes,也可以使用其他软件,如GTICL和cd-hit。一般GTICL和cd-hit得到的unigenes比Trinity软件得到的数量要多,有人指出在GTICL和cd-hit的结果中能找到自己想要的基因,而在最长库中有的难以找到。
USEARCH,UCLUST和CD-HIT应该执行几乎相同的算法。 如果全局比对一致性> 0.5%,则它们会将较短的序列聚类到更长的序列。 但是,kClust,MMSeqs和LAST以本地方式计算序列同一性。 为了直接相互比较聚类,可以使用Rand Index,Variation of Information,F-Score和其他指标。 此类指标在其他地方进行了广泛的解释。
基于高通量测序技术的测序冗余序列cd-hit聚类前后序列长度分布统计软件是由南京集思慧远生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1001407,属于分类,想要查询更多关于基于高通量测序技术的测序冗余序列cd-hit聚类前后序列长度分布统计软件著作的著作权信
一般常用的是cd-hit对氨基酸序列聚类,用cd-hit-est对核苷酸序列聚类,聚类时有两个重要的参数,一个是-c,指定聚类阈值,一个是-n,指定word size,这两个配套使用,有推荐的阈值。 cd-hit 氨基酸聚类阈值: word size 5 is for thresholds 0.7 ~ 1.0 word size 4 is for thresholds 0.6 ~ 0.7 word size 3 is...
第一步:提取每个聚类对应的最长序列 grep "*" V0-1.100.clstr|wc -l #先查看一下有多少个序列 361700 wc -l V0-1.100.fa #查看CD-hit输出的非冗余序列的行数 723400 #刚好是上面的两倍,因为该序列包括序列名称以及序列的具体信息,所以证明我们按*来提取序列名称这个方法没有问题 ...
cd-hit是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具,根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列,一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 cd-hit聚类算法 通常来说,根据序列相似度对序列进行聚类,首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类,这样需要进行all by all的比较,相对来说比较费时...