CD-HIT对DNA序列聚类的命令是cd-hit-est: /opt/cd-hit/4.8.1/cd-hit-est -i SRR26361709.fasta -T 4 -c 0.97 -n 10 -o SRR26361709-clusters.fasta (1)-i,指定需要聚类的序列文件。 (2)-T,指定使用多少个线程。 (3)-c,指定相似性大于多少的序列会被归到同一个簇。 (4)-n,由于CD-HIT使用的...
一般使用cd-hit对protein dataset去冗余时,设置一个较低的identity cut-off, 比如0.2-0.5(即相似性大于20-50%的序列都为一类) 参考:cd-hit介绍(包括优缺点)
apt-get install zlib1g-dev 从GitHub上下载CD-HIT源码并编译安装: curl -OL https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.8.1/cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz # 使用curl下载 tar -zx -f cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz # 解压 cd cd-hit-v4.8.1-2019-0228 # 切换解压出来的...
-n 2 for thresholds 0.4 ~ 0.5 只能完成在40%以上的序列相似性的聚类,假设要将阈值设置为30%的相似性则需要两次聚类并使用 脚本才能完成 cd-hit-2d的基本用法 用于比较两个数据库中的相似性序列,默认识别在 db2 中的序列和 db1 中的序列相似性高于某个阈值的序列,输入是两个 fasta 格式的文件,输出是 db2...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-12082.进入到安装目录:如qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-...
使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类 转载自:https://huifangliu.github.io/2018/08/22/%E4%BD%BF%E7%94%A8cd-hit%E5%AF%B9%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%88%96%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%BA%8F%E5%88%97%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%81%9A%E7%B1%BB/...
中国各方面的实力都在增强,对外贸易逐渐频繁.在商务领域,由于术语更具专业性和准确性,国与国之间语言文化背景的差异性,对于商务合同及信函一类正式文本的翻译,在要求上更为严格.一旦出现信息的漏译,误译,不仅会造成双方沟通出现问题,甚至会造成严重的经济损失.因此,商务文本在翻译时,一些翻译方法的灵活使用十分的必要....
目的:调查地佐辛注射液临床使用情况并对其合理性进行评估.方法:统计分析某院2015年12月~2016年11月住院患者中地佐辛注射液的使用情况,从适应证,用法用量,疗程,联合用药等方面进评价其用药合理性.结果:使用地佐辛的患者共12 847例,年龄0~97岁,平均年龄(49±15.6)岁.11 687例患者是因为手术使用地佐辛注射液,占...
HIT-2492复合式冲击试验机 一、产品概述 HIT复合式冲击试验机主要用于硬质热塑性模塑和挤塑材料,硬质热固性模塑材料以及纤维增强的热固性和热塑性复合材料等非金属材料冲击韧性的测定。 二、符合标准 ASTM D256-06测定塑料悬臂梁冲击强度的标准试验方法、ISO180-2000塑料伊兆特(Izod)冲击强度的测定、ISO179-1-2001塑料...
必须对设备的结构和位置安排中的安全问题提出明确的要求.含定量炸药设备的结构特点可以显著地影响其潜在的爆炸效应,如可以衰减产生的冲击波超压,降低热辐射的强度,减小爆炸破片的数量并缩小破片危险效应的作用范围.适当地选择设备相对潜在爆炸源的位置安排,可以保证在事故中免遭破坏和伤害.本文介绍弹药库的结构及...