一般使用cd-hit对protein dataset去冗余时,设置一个较低的identity cut-off, 比如0.2-0.5(即相似性大于20-50%的序列都为一类) 参考:cd-hit介绍(包括优缺点)
首先进入国家微生物科学数据中心首页www.nmdc.cn,选择分析工具的入口按钮,进入分析工具界面。 · 2 · 在分析工具主界面,选择工具进行使用,这里CD-hit以为例。 · 3 · 点击CD-hit工具的查看详情按钮进到CD-hit的工具详情页,链接地址:https://nmdc.cn/analyze/details?id=60067b3f0b38496ee0c90951 · 4 ·...
(2)CD-HIT的安装目录为/opt/cd-hit/4.8.1,需要提前建立。 (3)使用的测试数据是双端测序数据,合并要用到pandaseq,可以参考使用pandaseq合并双端测序实战这篇文章安装。 安装 安装依赖: apt-get install zlib1g-dev 从GitHub上下载CD-HIT源码并编译安装: curl -OL https://github.com/weizhongli/cdhit/releas...
cd-hit-2d的基本用法 用于比较两个数据库中的相似性序列,默认识别在 db2 中的序列和 db1 中的序列相似性高于某个阈值的序列,输入是两个 fasta 格式的文件,输出是 db2 中与 db1 不相似的蛋白质序列文件和列出 db1 和 db2 之间相似序列的文件,如果想要输出 db1 中和 db2 中不相似的序列,可以将输入文件 db...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-12082.进入到安装目录:如qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-...
使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类 转载自:https://huifangliu.github.io/2018/08/22/%E4%BD%BF%E7%94%A8cd-hit%E5%AF%B9%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%88%96%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%BA%8F%E5%88%97%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%81%9A%E7%B1%BB/...
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对于HIT患者,应立即停用肝素,并考虑使用其他抗凝剂如阿加曲班或低分子肝素。 二、低分子肝素 作用机制: 低分子肝素是肝素的一种衍生物,具有更长的半衰期和更稳定的抗凝效果。它通过抑制凝血酶的活性和血小板聚集来发挥抗凝作用。 适应证: 对肝素过敏或不耐...
使用GSRA系统来寻找CD93的拮抗受体。GSRA是一个高通量的基因表达系统,能够展示数以千计的跨膜和分泌蛋白质,以研究蛋白质之间的相互作用。IGFBP7是IGFBP家族的一种分泌蛋白,是文库中~6600个人跨膜和分泌蛋白中唯一阳性的HIT(图2A)。 我们通过流式细胞术证实了它们的特异性相互作用;正如预期的那样,人CD93 mAb或IGFB...