为了减少错误种子序列定位造成的错配,这里采用了种子序列再定位的方法。假如有一个SMEM的长度为l,它在参考基因组中出现的次数是k。如果默认的 l 长度(28bp)太长,我们会重新选取跨越SMEM中心的序列作为种子进行再次定位,前提是它至少在基因组上有k+1次匹配。这些种子序列可以通过SMEM算法中减少匹配次数实现。 2.1....
现在使用bwa-mem算法只需要两步就行了。bwa mem有很多选项参数,这里我们介绍几个比较重要的。 -R 设置reads标头,放到一对引号中,也就是sam文件中的RG部分,为什么要设置RG表头呢,因为同一样品可能包括多个测序结果,来自不同lane,不同文库,或者不同样品的比对结果合并到同一个文件中进行处理,就需要通过RG进行标记区...
mem BWA-MEM algorithm 构建好索引文件之后就可以使用mem参数将测序数据比对到构建好的索引文件上 常用参数为: -M参数用于将较短的片段进行标注,方便后续使用picard标记重复序列相兼容 -t参数用于指定线程数,但线程不要超过8个,有些软件在线程超过8个之后反而速度会变慢 -R参数接的是Read Group的字符串信息,这是...
bwa mem [options] ref.fa reads.fq > mem.sam 参数说明：参数命令说明 -t线程数，默认是...
BWA参数 序列比对BWA之参数:index, mem, aln, samse, sampe, bwasw SAM格式 SAMtools使用说明 SAM格式详细说明 short-reads比对 比对精度 评估插入长度分布 比对速度 比对速度很大程度取决于请求序列的错误率(r)。当接近完全匹配时,BWA速度最快。当允许多个失配时,BWA需要寻找更多的候选位点。允许太多失配时,不建议...
BWA-MEM：70bp-1Mbp、支持可变剪切( mem )任何一种算法，BWA都需要首先对"参考基因组"建立FM-index (bwa-index)无论选择哪一种比对算法，都需要对待使用的参考基因组建立索引。bwa index 的用法和参数：在reads中划分seed区域，使用seed序列与建立过索引的参考基因组比对，选择 maximal exact matches(...
参数 说明 硬件参数 部署方式为精简,包含1个管控节点和1个计算节点,规格如下: 管控节点:采用ecs.c7.large实例规格,该规格配置为2 vCPU,4 GiB内存。 计算节点:采用ecs.g7.16xlarge实例规格,该规格配置为64 vCPU、256 GiB内存。 软件参数 镜像选择CentOS 7.6公共镜像,调度器选择slurm,打开VNC开关。
基因数据处理之BWA_MEM无法分配内存: 建立BWA索引的时候内存不足,现在用BWA-MEM又内存不足,真耗内存 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/test20160310$ bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161.fastq >SRR003161...
bwa-mem2 index test.fa #当-p参数缺省时,会默认将参考基因组文件名作为前缀生成索引文件 -p参数是生成的索引文件的前缀,in.fasta参数是fasta格式(可以gz压缩)的参考基因组。 他会产生以下后缀的索引文件(做个了解,其实会用就行): .0123(二进制文件,0123对应ACGT的参考基因组) ...